نسبتاً مهم‌ترین میراث فکری حنانه، نظریه «هارمونی زوج» بود. این رویکرد هارمونیک، شیوه‌ای نوین در استفاده از مد‌های موسیقی دستگاهی ایران محسوب می‌شد. حنانه معتقد بود که این رویکرد توافق بیشتری با موسیقی ایرانی دارد.
تم موسیقی ایرانی و روش و هارمونی غربی نقدی بود که او همیشه بر بسیاری از ساخته‌های موسیقیدان‌های هم عهد و حتی پیش از خودش داشت و همیشه به این نظر تکیه داشت که خودش این پردازش دقیق دوگانه تم و هارمونی و غربی را «هارمونی زوج» نامگذازی کرده بود. حنانه معتقد بود معتقد بود با این شگرد می توان موسیقی ایران را انسجامی کاربردی داد. نکته قابل تامل اینکه او هیچگاه در پی تثبیت این نظریه به نام خودش تلاشی نکرد. در رد یا تایید این ادعا می‌باید پژوهش دقیقی انجام شود چرا که نیازمند منبع و نیازمند راستی آزمایی علمی است. می‌توان گفت این قابلیت بیش از هر چیز ادعایی اثبات نشده است. هر چند که فرزند ایشان آنرا تایید کرده باشد.