📌 بعد از دانلود یک فایل sra و تبدیل این فایل به یک فایل fastq با استفاده از ابزار SRA Toolkit، با ابزار FastQC، می‌تونید کنترل کیفیت یا QC این فایل fastq رو انجام بدید و کیفیت سمپل موردنظرتون رو چک کنید. برای کار با این ابزار، می‌تونید از کامندهای زیر استفاده کنید:

1️⃣ جهت نصب ابزار FastQC در Ubuntu و بررسی ورژن آن←

sudo apt update
sudo apt install fastqc
fastqc --version

2️⃣ جهت انجام QC روی یک سمپل ←

fastqc -f fastq SRR123456.fastq

✅ به‌جای SRA123456.fastq، اسم یا اکسشن آی‌دی سمپل موردنظرتون که دانلود کردید رو قرار بدید. با فلگ f- هم می‌توان نوع فایل ورودی رو مشخص کرد؛ فایل ما چون به‌صورت fastq هست، اسم fastq رو جلوی این فلگ می‌نویسیم.

3️⃣ جهت انجام QC روی همه‌ی سمپل‌های موجود در دایرکتوری جاری ←

fastqc -f fastq *.fastq

✅ اگه توی دایرکتوری یا فولدر جاری، چندین فایل fastq دارید، با کامند بالا، QC همه‌ی سمپل‌ها همزمان انجام می‌شه؛ علامت * یک wildcard به معنی "هرچیزی" هست؛ fastq.* یعنی همه فایل‌هایی که آخرشون fastq. داره.

4️⃣ جهت انجام QC روی یک سمپل با مشخص کردن دایرکتوری ←

 fastqc -f fastq -o ~/Proj SRR123456.fastq

✅ با فلگ o- می‌شه دایرکتوری‌ای رو مشخص کرد که فایل‌های خروجی تو اون دایرکتوری ایجاد بشه.

5️⃣ جهت انجام QC روی یک سمپل با فرمت bam ←

 fastqc -f bam SRR123456.bam

✅ با این کامند می‌شه fastqc رو روی یک فایل با فرمت bam. ران کرد.

📃 خروجی ابزار FastQC به ازای هر سمپل، یک فایل فشرده و یک فایل html. هست؛ فایل فشرده ریپورت‌ها و پلات‌های QC یک سمپل رو به‌طور جداگانه شامل می‌شه؛ اما تمامی پلات‌های QC رو می‌تونید یک‌جا با استفاده از فایل html. ببینید؛ ‌این فایل رو می‌تونید با یک مرورگر مثل فایرفاکس باز کنید:

firefox SRR123456.html

✨ جهت ثبت‌نام مشاوره و برنامه‌ریزی اختصاصی و روزانه برای کنکور ارشد بهداشت و علوم ۱۴۰۵ (ظرفیت بسیار محدود) و تهیه جزوات جامع ژنتیک پزشکی امری، تامپسون و جزوه لغات زبان پزشکی پیام دهید : @Cyaxares

💎 جهت مشاهده مصاحبه و کارنامه رتبه برترهایی که از مشاوره و جزوات من استفاده کردن، از این لینک‌ استفاده کنید : مصاحبه‌ها

😢 کپی کردن مباحث و پست‌های کانال، تنها با ذکر نام کانال بلامانع است!

➕ پست‌ها رو برای دوستانتون فوروارد کنید.


#بیوانفورماتیک

کانال آموزشی آرش صفرزاده (@GeneticsAS 🌐)
💗💗💗💗💗💗©️💗 ⭐ 🤍🤍