## Install and Import the Packages
install.packages("circlize")
install.packages("biocManager")
BiocManager::install("biomaRt")
library(biomaRt)
library(circlize)
## Chromosome Location
ensembl <- useEnsembl(biomart = "genes",
dataset = "hsapiens_gene_ensembl")
lnc_info <- getBM(attributes = c("hgnc_symbol", "chromosome_name", "start_position", "end_position", "strand"),
filters = "hgnc_symbol",
values = "TP53",
mart = ensembl)
lnc_df <- data.frame(chr = paste0("chr", lnc_info$chromosome_name),
start = lnc_info$start_position,
end = lnc_info$end_position,
name = lnc_info$hgnc_symbol)
## Initialize the Plot
circos.initializeWithIdeogram()
## Highlight the Gene
circos.genomicLabels(bed = lnc_df,
labels.column = 4,
side = "inside",
cex = 0.9,
col = "red",
facing = "clockwise",
line_col = "red",
line_lwd = 2,
line_lty = "dotted")
#بیوانفورماتیک
کانال آموزشی آرش صفرزاده (@GeneticsAS
Please open Telegram to view this post
VIEW IN TELEGRAM
🎲 Quiz '🖍 آزمون تألیفی جامع 🖍'
📝 این کوییز یک آزمون جامع از چهار رفرنس امری، تامپسون، استراخان و جرد هست. این تستها از بخشهایی هستن که تا الان کمتر در کنکور طرح شدن؛ بنابراین سطح این آزمون متوسط رو به سخت هست و اگه نتیجه موردانتظار رو تو این آزمون کسب نکردید، نگران نشید و از این فرصت برای رفع نقاط ضعف استفاده کنید. @GeneticsAS
🖊 15 questions · ⏱ 1 min
📝 این کوییز یک آزمون جامع از چهار رفرنس امری، تامپسون، استراخان و جرد هست. این تستها از بخشهایی هستن که تا الان کمتر در کنکور طرح شدن؛ بنابراین سطح این آزمون متوسط رو به سخت هست و اگه نتیجه موردانتظار رو تو این آزمون کسب نکردید، نگران نشید و از این فرصت برای رفع نقاط ضعف استفاده کنید. @GeneticsAS
🖊 15 questions · ⏱ 1 min
Q All 2 - Telegram Channel @GeneticsAS.pdf
1 MB
موفق باشید
#آزمون
#آزمون_جامع
کانال آموزشی آرش صفرزاده (@GeneticsAS
Please open Telegram to view this post
VIEW IN TELEGRAM
#بیوانفورماتیک
کانال آموزشی آرش صفرزاده (@GeneticsAS
Please open Telegram to view this post
VIEW IN TELEGRAM
library(multiMiR)
my_mirs <- read.delim(file = "miRs.txt",
header = TRUE)
miRt <- get_multimir(mirna = my_mirs,
summary = TRUE)
columns(miRt)
miRTargets <- multiMiR::select(x = miRt,
keys = my_mirs,
keytype = "mature_mirna_id",
columns = columns(miRt))
View(miRTargets)
#بیوانفورماتیک
کانال آموزشی آرش صفرزاده (@GeneticsAS
Please open Telegram to view this post
VIEW IN TELEGRAM
import pandas as pd
import matplotlib.pyplot as plt
import igraph as ig
import scvelo as scv
import loompy as lmp
import anndata
import os
import leidenalg
from scipy import io
from scipy.sparse import coo_matrix, csr_matrix
import scanpy as sc
sc.settings.verbosity = 3
sc.logging.print_header()
sc.settings.set_figure_params(dpi = 80, facecolor = "white")
adata = sc.read_10x_mtx("matrix.mtx",
var_names = "gene_symbols",
cache = True)
print(type(adata))
adata.var_names_make_unique()
print(adata.var_names)
print(type(adata.var_names))
print(adata.obs_names)
print(type(adata.obs_names))
sc.pl.highest_expr_genes(adata, n_top = 20)
sc.pp.filter_cells(adata, min_genes = 200)
sc.pp.filter_genes(adata, min_cells = 3)
print(adata)
adata.var['mt'] = adata.var_names.str.startswith('MT-')
sc.pp.calculate_qc_metrics(adata,
qc_vars = ['mt'],
percent_top = None,
log1p = False,
inplace = True)
print(adata.obs)
sc.pl.violin(adata,
['n_genes_by_counts', 'total_counts', 'pct_counts_mt'],
multi_panel = False,
stripplot = False)
sc.pl.scatter(adata, x='total_counts', y='pct_counts_mt')
sc.pl.scatter(adata, x='total_counts', y='n_genes_by_counts')
adata = adata[adata.obs.n_genes_by_counts < 2500, :]
adata = adata[adata.obs.pct_counts_mt < 5, :]
sc.pp.normalize_total(adata,
target_sum = 1e4)
sc.pp.log1p(adata)
sc.pp.highly_variable_genes(adata,
min_mean = 0.0125,
max_mean = 3,
min_disp = 0.5)
adata.raw = adata
adata = adata[:, adata.var.highly_variable]
sc.pp.regress_out(adata, ['total_counts', 'pct_counts_mt'])
sc.pp.scale(adata, zero_center = True, max_value=10)
sc.tl.pca(adata, svd_solver='arpack')
sc.pl.pca(adata, color = ["PHF1", "SNHG7"])
sc.pl.pca_variance_ratio(adata, log=True)
sc.pp.neighbors(adata, n_neighbors = 10, n_pcs = 13)
sc.tl.umap(adata)
sc.pl.umap(adata, color = ['TPSB2', 'VWF', 'NDUFA4L2'])
sc.tl.leiden(adata, resolution = 0.5)
sc.pl.umap(adata, color = ['leiden'], legend_fontsize = 8, save = '_leiden')
sc.tl.rank_genes_groups(adata, 'leiden', method='t-test')
sc.pl.rank_genes_groups(adata, n_genes=25, sharey=False)
adata.write(results_file)
print(adata.obs)
print(pd.DataFrame(adata.uns['rank_genes_groups']['names']).head(5))
result = adata.uns['rank_genes_groups']
groups = result['names'].dtype.names
print(pd.DataFrame(
{group + '_' + key[:1]: result[key][group]
for group in groups for key in ['names', 'pvals']}).head(5))
sc.tl.rank_genes_groups(adata, 'leiden', groups = ['0'], reference = '1', method = 'wilcoxon')
sc.pl.rank_genes_groups(adata, groups = ['0'], n_genes = 20)
#بیوانفورماتیک
کانال آموزشی آرش صفرزاده (@GeneticsAS
Please open Telegram to view this post
VIEW IN TELEGRAM
🎲 Quiz '🖍 آزمون تألیفی جامع 🖍'
📝 این کوییز یک آزمون جامع از چهار رفرنس امری، تامپسون، استراخان و جرد هست. این تستها از بخشهایی هستن که تا الان کمتر در کنکور طرح شدن؛ بنابراین سطح این آزمون متوسط رو به سخت هست و اگه نتیجه موردانتظار رو تو این آزمون کسب نکردید، نگران نشید و از این فرصت برای رفع نقاط ضعف استفاده کنید. @GeneticsAS
🖊 15 questions · ⏱ 1 min
📝 این کوییز یک آزمون جامع از چهار رفرنس امری، تامپسون، استراخان و جرد هست. این تستها از بخشهایی هستن که تا الان کمتر در کنکور طرح شدن؛ بنابراین سطح این آزمون متوسط رو به سخت هست و اگه نتیجه موردانتظار رو تو این آزمون کسب نکردید، نگران نشید و از این فرصت برای رفع نقاط ضعف استفاده کنید. @GeneticsAS
🖊 15 questions · ⏱ 1 min
Q All 6 - Telegram Channel @GeneticsAS.pdf
791 KB
موفق باشید
#آزمون
#آزمون_جامع
کانال آموزشی آرش صفرزاده (@GeneticsAS
Please open Telegram to view this post
VIEW IN TELEGRAM
#بیوانفورماتیک
کانال آموزشی آرش صفرزاده (@GeneticsAS
Please open Telegram to view this post
VIEW IN TELEGRAM
@GeneticsAS Congenital Disorders Table.pdf
315.8 KB
درود دوستان 🌹
📌 این فایل حاوی جدول نکات و مباحث سندرمهای ناتوانی یادگیری انتهای فصل ۱۶ امری هست؛ با توجه به اینکه این سندرمها نکات زیادی دارن، مطالعهشون بهصورت یک جدول میتونه کمککننده باشه؛ دوستانی که تا الان نخوندن و یا خوندن و مرور نداشتن، از این فایل استفاده کنن.
🔒 رمز فایل (حروف بزرگ و کوچک رعایت شود): GeneticsAS
✨ جهت ثبتنام دوره جمعبندی ژنتیک پزشکی، مشاوره و برنامهریزی اختصاصی و روزانه برای کنکور ۱۴۰۵ و تهیه جزوات جامع ژنتیک پزشکی امری، تامپسون و جزوه لغات زبان پزشکی پیام دهید : @Cyaxares
💎 جهت مشاهده مصاحبه و کارنامه رتبه برترهایی که از مشاوره و جزوات من استفاده کردن، از این لینک استفاده کنید : مصاحبهها
😢 کپی کردن مباحث و پستهای کانال، تنها با ذکر نام کانال بلامانع است!
➕ پستها رو برای دوستانتون فوروارد کنید.
کانال آموزشی آرش صفرزاده (@GeneticsAS🌐 )
💗 💗 💗 💗 💗 💗 ©️ 💗 ⭐ 🤍 🤍
کانال آموزشی آرش صفرزاده (@GeneticsAS
Please open Telegram to view this post
VIEW IN TELEGRAM
## clusterProfiler Package
library(clusterProfiler)
library(org.Hs.eg.db)
gene_list <- c("ENSG00000139618", "ENSG00000157764", "ENSG00000141510")
keytypes(x = org.Hs.eg.db)
symbols <- bitr(geneID = gene_list,
fromType = "ENSEMBL",
toType = c("SYMBOL", "ENTREZID"),
OrgDb = org.Hs.eg.db)
View(symbols)
## biomaRt Package
library(biomaRt)
ensembl <- useMart(biomart = "ensembl",
dataset = "hsapiens_gene_ensembl")
attr <- listAttributes(ensembl)
attr <- attr$name
attr[1:10]
gene_list <- c("ENSG00000139618", "ENSG00000157764", "ENSG00000141510")
result <- getBM(attributes = c("ensembl_gene_id", "hgnc_symbol", "chromosome_name", "description"),
filters = "hgnc_symbol",
values = "TP53",
mart = ensembl)
View(result)
## AnnotationDbi package
library(AnnotationDbi)
library(org.Hs.eg.db)
keytypes(x = org.Hs.eg.db)
gene_list <- c("ENSG00000139618", "ENSG00000157764", "ENSG00000141510")
mapIds(x = org.Hs.eg.db,
keys = gene_list,
keytype = "ENSEMBL",
column = "SYMBOL")
select(x = org.Hs.eg.db,
keys = gene_list,
keytype = "ENSEMBL",
columns = "SYMBOL")
#بیوانفورماتیک
کانال آموزشی آرش صفرزاده (@GeneticsAS
Please open Telegram to view this post
VIEW IN TELEGRAM
🎲 Quiz '🖍 آزمون تألیفی جامع 🖍'
📝 این کوییز یک آزمون جامع از چهار رفرنس امری، تامپسون، استراخان و جرد هست. این تستها از بخشهایی هستن که تا الان کمتر در کنکور طرح شدن؛ بنابراین سطح این آزمون متوسط رو به سخت هست و اگه نتیجه موردانتظار رو تو این آزمون کسب نکردید، نگران نشید و از این فرصت برای رفع نقاط ضعف استفاده کنید. @GeneticsAS
🖊 15 questions · ⏱ 2 min
📝 این کوییز یک آزمون جامع از چهار رفرنس امری، تامپسون، استراخان و جرد هست. این تستها از بخشهایی هستن که تا الان کمتر در کنکور طرح شدن؛ بنابراین سطح این آزمون متوسط رو به سخت هست و اگه نتیجه موردانتظار رو تو این آزمون کسب نکردید، نگران نشید و از این فرصت برای رفع نقاط ضعف استفاده کنید. @GeneticsAS
🖊 15 questions · ⏱ 2 min
Q All 7 - Telegram Channel @GeneticsAS.pdf
846.4 KB
موفق باشید
#آزمون
#آزمون_جامع
کانال آموزشی آرش صفرزاده (@GeneticsAS
Please open Telegram to view this post
VIEW IN TELEGRAM
This media is not supported in your browser
VIEW IN TELEGRAM
تو همیشه قوی تر از چیزی هستی که فکرشو میکنی
درود دوستان ❤️
📌 دوستان نزدیک کنکوریم و لازمه که من مجدد یکسری مباحث مهم که تو این مدت به دردتون میخوره رو تو این پست بذارم؛ این فایلا رو تو این تقریبا ده روز مرور کنید.
🟢 تحلیل تستهای ارشد ژنتیک انسانی ۱۴۰۱-۱۴۰۰
🟢 تحلیل تستهای ارشد ژنتیک انسانی ۱۴۰۲-۱۴۰۱
🟢 تحلیل تستهای ارشد ژنتیک انسانی ۱۴۰۳-۱۴۰۲
🟢 تحلیل تستهای ارشد ژنتیک انسانی ۱۴۰۴-۱۴۰۳
🟢 جداول مهم رفرنس امری
🟢 مباحث مهم رفرنس تامپسون
🟢 لیست مباحث مهم فصلهای رفرنس امری
🟢 لغات ضروری زبان پزشکی (پارت یک)
🟢 لغات ضروری زبان پزشکی (پارت دو)
🟢 لغات ضروری زبان پزشکی (پارت سه)
🟢 جدول بیماریهای تکژنی (پارت ۱)
🟢 جدول بیماریهای تکژنی (پارت ۲)
🟢 جدول بیماریهای تکژنی (پارت ۳)
🟢 جدول بیماریهای تکژنی (پارت ۴)
🟢 جدول بیماریهای بیوشیمیایی (پارت ۱)
🟢 جدول بیماریهای بیوشیمیایی (پارت ۲)
🟢 جدول بیماریهای بیوشیمیایی (پارت ۳)
🟢 جدول بیماریهای بیوشیمیایی (پارت ۴)
🟢 جدول بیماریهای بیوشیمیایی (پارت ۵)
🟢 جدول بیماریهای بیوشیمیایی (پارت ۶)
🟢 جدول بیماریهای مادرزادی
🟢 لیست آزمونها و کوییزها
✨ جهت ثبتنام دوره جمعبندی ژنتیک پزشکی، مشاوره و برنامهریزی اختصاصی و روزانه برای کنکور ۱۴۰۵ و تهیه جزوات جامع ژنتیک پزشکی امری، تامپسون و جزوه لغات زبان پزشکی پیام دهید : @Cyaxares
💎 جهت مشاهده مصاحبه و کارنامه رتبه برترهایی که از مشاوره و جزوات من استفاده کردن، از این لینک استفاده کنید : مصاحبهها
😢 کپی کردن مباحث و پستهای کانال، تنها با ذکر نام کانال بلامانع است!
➕ پستها رو برای دوستانتون فوروارد کنید.
کانال آموزشی آرش صفرزاده (@GeneticsAS🌐 )
💗 💗 💗 💗 💗 💗 ©️ 💗 ⭐ 🤍 🤍
کانال آموزشی آرش صفرزاده (@GeneticsAS
Please open Telegram to view this post
VIEW IN TELEGRAM
لینک دریافت کارت ورود به جلسه:
https://arshad4.sanjeshp.ir/1404/startpage.aspx
#اخبار
#کارشناسی_ارشد
#وزارت_بهداشت
کانال آموزشی آرش صفرزاده (@GeneticsAS
Please open Telegram to view this post
VIEW IN TELEGRAM
#مشاوره
کانال آموزشی آرش صفرزاده (@GeneticsAS
Please open Telegram to view this post
VIEW IN TELEGRAM
درود دوستان عزیزم
امیدوارم حالتون عالی باشه و برنامههاتونو خوب پیش برده باشید و در این مدت نکات و مباحث کانال براتون مفید بوده باشه. به یک کنکور دیگه رسیدیم و تو این مدت سعی کردم پستهایی براتون بذارم که بدردتون بخوره. امیدوارم استفاده کرده باشید.
و اما در مورد کنکور فردا لازمه یکسری نکات بهتون بگم که ممکنه به دردتون بخوره:
🟢 امروز فقط سعی کنید نکات مهم درس اصلیتون رو مرور کنید و نیازی نیست خیلی به ذهنتون فشار بیارید. به هیچوجه استرس مطالبی که نخوندید رو نداشته باشید؛ به این فکر کنید که تا الان تلاش خودتون رو کردید 💯
🟢 امشب تا دیروقت بیدار نمونید و سعی کنید ۷ ساعت خواب کامل داشته باشید. خیلی تو بازدهی و عملکرد ذهنتون تاثیر داره ⚡️
🟢 برای فردا، صبحانه سبک و پرانرژی میل کنید و حتما همراه خودتون آب معدنی (یا آب قند) و همینطور چندتا شکلات و خرما ببرید 🤪
🟢 کارت امتحان، شناسنامه، عکس، مداد، پاککن، تراش، خودکار و این چیزا یادتون نره؛ همین الان آماده کنید که فردا استرس پیدا کردنشون رو نداشته باشید ➡️
🟢 سعی کنید نیم ساعت تا یک ساعت قبل از شروع آزمون، در محل آزمون حضور داشته باشید تا با محیط حوزه امتحانیتون آشنا بشید ➡️
🟢 قبل از شروع آزمون هیچ مطلب درسیای نخونید؛ چون فایدهای نداره و فقط ممکنه باعث استرس بشه ✖️
🟢 استرس تا حدی طبیعی و قابل انتظاره، اما وقتی زیاد باشه، میتونه عملکرد مغز رو کاهش بده. سعی کنید بیش از حد درگیر نتیجه نشید و ذهن خودتون رو آرام و متعادل نگه دارید ✔️
🟢 موقع شروع آزمون، اگه دیدید که تستهای ابتدایی سختن و نمیتونید پاسخ بدید، اصلا نترسید و روحیهتون رو از دست ندید؛ معمولا کلک طراح اینه که تستهای سخت رو اول میذاره. اگه چندتا تست اول رو بلد نبودید، با آرامش برید سراغ تستهای بعد. وقتی کامل آزمون رو پاسخ دادید، تستهایی که نتونستید پاسخ بدید رو دوباره بررسی کنید ✌
🟢 اینطور فکر نکنید که حتما باید تمام سوالات یک درس رو جواب بدید. حتی اگه خیلی خوب خونده باشید. سوالاتی که بلد نیستید یا بین دو یا سه گزینه شک دارید رو تا جای ممکن نزنید. سعی کنید هرچقدر میتونید نمره منفی رو کمتر کنید ✅
🟢 برای درس زبان پیشنهاد من اینه که اول ۲۰ تست لغت رو پاسخ بدید و بعد برید سراغ پسیجها. اگه وسط حل تستهای پسیج خسته شدید، میتونید برید سراغ یه درس دیگه و بعد از حل تستهای اون درس، برگردید و ادامه تستهای پسیج رو با خیال راحتتری بزنید. فقط حواستون به زمان باشه تو این مورد ⭐️
🟢 بعد از اینکه به آزمون کامل پاسخ دادید، حتما پاسخ سوالا و کلید رو دوباره بررسی کنید و مطمئن شید که پاسخها رو درست وارد برگه پاسخنامه کردید ⭐️
🟢 هر از گاهی یک دقیقه به خودتون استراحت بدید و دوباره آزمون رو ادامه بدید ✨
🟢 برای پاسخ دادن به سوالات عجله نکنید؛ صورت سوال رو کامل و با دقت بخونید و به افعال سوالات توجه کنید ✨
🟢 در نهایت نگران چیزی نباشید و از آزمون ارشد برای خودتون غول نسازید! شما تلاشتون رو کردید و نتیجه رو بسپرید به خدا 😍
✅ به امید خدا بعد از کنکور به محض دریافت سوالات، تحلیل سوالات ژنتیک رو خواهیم داشت. پستهای درسی، مهارتها و مشاورهای رو هم مثل قبل ادامه میدیم؛ بنابراین با کانال همراه باشید.
ایستادی، جنگیدی و با تمام وجود تلاش کردی؛ با هر نتیجهای، تو قوی بودنت رو ثابت کردی...👑
موفق باشیــــد🥇
کانال آموزشی آرش صفرزاده (@GeneticsAS🌐 )
💗 💗 💗 💗 💗 💗 ©️ 💗 ⭐ 🤍 🤍
امیدوارم حالتون عالی باشه و برنامههاتونو خوب پیش برده باشید و در این مدت نکات و مباحث کانال براتون مفید بوده باشه. به یک کنکور دیگه رسیدیم و تو این مدت سعی کردم پستهایی براتون بذارم که بدردتون بخوره. امیدوارم استفاده کرده باشید.
و اما در مورد کنکور فردا لازمه یکسری نکات بهتون بگم که ممکنه به دردتون بخوره:
ایستادی، جنگیدی و با تمام وجود تلاش کردی؛ با هر نتیجهای، تو قوی بودنت رو ثابت کردی...
موفق باشیــــد
کانال آموزشی آرش صفرزاده (@GeneticsAS
Please open Telegram to view this post
VIEW IN TELEGRAM
Please open Telegram to view this post
VIEW IN TELEGRAM
Please open Telegram to view this post
VIEW IN TELEGRAM