🙂 Послесловие от команды Бластим

«Ученый Будущего» — пока не самый наш легендарный курс, но точно самый бурно обсуждаемый продукт Бластим. Вокруг него уже столько эмоций, слухов и галлюцинаций, что кажется сама нейросеть зашла в чат. Кто-то в восторге, кто-то сомневается, кто-то негодует, а кто-то взял и прошел его. Разве не это — главный признак действительно острой и актуальной темы?

УчБуд — буквально живой организм. Мы создали его 2 года назад, аккурат после выхода на арену ChatGPT. С тех пор он обновляется в режиме красной королевы и нынешний поток грядет быть самым up-to-date. В тоже время кое-что остается постоянным — островок стабильности Бластим. Это опытные преподаватели-практики, которые сами каждый день работают с AI-инструментами, идеальное качество картинки/звука эфиров и, конечно, постоянная поддержка кураторов в чатах. Бластим — это когда тебе понятно, с кем ты учишься, зачем, и почему тебе не скучно.

📌 Когда начнем AI-автоматизацию и что по графику?
С 17 июня по 5 июля пройдет 9 полноценных занятий с Дмитрием и приглашенными экспертами из разных отраслей.
📌 Какие темы покроем?
Актуальность AI в повседневной жизни, академии, программировании, бизнесе и творчестве.

‼️ Лучшее время начать работать с AI — вчера. Второе лучшее — сегодня. Тем более пока последний день действует самая минимальная цена предзаписи. Потом будет дороже, потому что… капитализм 🤷‍♀️

Промт или не промт — вот в чем вопрос. Ответим здесь: clck.ru/3LVdyd

Colossal на глиняных ногах

Только ленивый не написал про «воскрешение» компанией Colossal «лютоволков», вымерших около 10 тыс л. н. и последний раз замеченных в «Игре престолов». Но что сие значит на самом деле?

🦣 Colossal Biosciences основали в 2021 г. гарвардский генетик Джордж Черч и бизнесмен Бен Лэмм. Сегодня капитализация компании $10 млрд. Ее миссия амбициозная — «de-extinction». Стартап пообещал вернуть шерстистого мамонта. А как?

Еще в 2013 г. на конференции TEDx Черч озвучил свой концепт: изучить древнюю ДНК, взять ближайшего ныне здравствующего родственника (индийский слон), сравнить геномы, внести изменения, имплантировать отредактированные эмбрионы суррогатной слонихе. В случае мамонта нужно редактировать гены, отвечающие за метаболизм жиров, мохнатую шерсть, маленькие уши (всего около 85). Итоговая цель — реинтродуцировать холодостойкого слона в тундру, чтобы помочь экосистемам. То есть речь о функциональном воскрешении.

🐘 Лохматость повысилась. Индийский слон — вид краснокнижный, а эксперименты с ним сложны (только беременность длится 22 месяца), поэтому важно иметь клетки в пробирке или работать на модельных организмах. В марте 2024 колоссовцы получили iPSC слона благодаря коктейлю Яманаки. А спустя год объявили о шерстистых мышах. С помощью мультиплексного CRISPR они внесли изменения в 7 генов, получив грызунов с длинной золотистой шерстью.

Вот и все результаты. Но компания обещает мамонта к 2028. Параллельно кипит работа над другими проектами.

🐾 От сумы не зарекайся. Тилацин, aka тасманский волк, — сумчатый хищник, внешне похожий на собаку. Тилацин обитал в Австралии, Новой Гвинее, Тасмании и был истреблен колонистами, обвинявших его в нападении на овец. Последний представитель умер в 1936 г. Впервые геном тилацина отсеквенировали в 2017 г. Но он был неполный. Потом появилось несколько удачных образцов. Так, в музее Мельбурна обнаружили 110-летнюю голову тилацина. И в 2022 г. колоссовцы запустили проект по возрождению сумчатого волка. Они решили сами заполнить гэпы в геноме и принялись секвенировать ДНК из музея. Даже смогли выделить РНК. В октябре 2024 г. компания сообщила (без доказательств) о реконструкции генома тилацина на 99,9%, а в планах — редактирование его родственника, жирнохвостой сумчатой мыши.

🦤 Додо не пицца. Режиссер «Властелина колец» Питер Джексон пожертвовал на этот проект Colossal — возрождение дронта — $10 млн. Дронт, или додо, — нелетающий голубь массой ~20 кг. Он жил на острове Маврикий в Индийском океане, но был подчистую «вырезан» к концу 17 в. Яркий символ варварства человека. В 2002 г. генетики из UCSC во главе Бет Шапиро (сейчас руководит всеми исследованиями Colossal) прочитали мт-ДНК додо. Выяснилось, что ближайший родственник — никобарский голубь. В 2022 г. Шапиро заявила, что полный геном дронта тоже в их распоряжении. Однако клонирование птиц — дело тонкое. Додо может появиться только к 2029 г.

🐺 Работа не волк. В этом апреле компания релизнула первых якобы воскрешенных животных — 3 щенков ужасных волков по имени Ромул, Рем и Кхалиси. Ужасные волки были крупными хищниками Америки плейстоцена. Сейчас они были получены внесением 20 правок в геном серого волка. Но критики возражают. В 2021 г. в Nature писали, ужасный волк отделился от псовых 5,7 млн л. н., то есть это другая эволюционная ветвь. Однако компания утверждает, что по их неопубликованным данным, два вида генетически ужасно похожи, на 99,5%.

🤔 В чем проблемы? Colossal почти не печатается в рецензируемых журналах. Скажем, про лютоволков вышли репортажи в Times и NewYorker. Сомнительна и идея де-экстинкции: ученые подсчитали, что возрождение дороже и менее выгодно для биоразнообразия, чем спасение ныне вымирающих видов.

🤓 А хорошие новости? Есть надежда, что будут полезны побочные проекты. Чтобы пройти путь от древней ДНК до живого организма, нужны инновации в множественном редактировании генома, репродуктивных технологиях (искусственная матка) и даже биоинформатике. В 2022 г. Colossal открыли дочернюю фирму FormBio по разработке ПО для реинкарнации.

И все-таки было бы здорово увидеть живого мамонта, а?

😲 ЧТОА? БЛАСТИМ РАСКРЫВАЕТ ПЕРСОНАЛЬНЫЕ ДАННЫЕ

Мало кто знает, но когда мы объявили сбор забытых датасетов, нам прислали секретный файл прямо из Белого дома.

👀 По неподтвержденной информации, исходный документ назывался patient_DonaldT_final_stat_for_Blastim.xlsx. Видимо, кто-то решил, что никому, кроме наших экспертов, окончательный анализ доверять нельзя. Что верно, то верно. А теперь настало время объяснить, зачем мы вообще собирали с мира по нитке.

Не для того чтобы передать результаты ваших экспериментов в тайную биолабораторию, а для того, чтобы разобраться с их анализом — в прямом эфире, под супервиженом опытных статистиков-практиков 💡

Продолжение следует на раз… два… три… 🔜

☄️ Вот и долгожданный анонс мероприятия для всех-всех-всех, у кого хоть раз дергался глаз от Excel и p-value было «на грани»

24 апреля в 19:00 мск
БЕСПЛАТНЫЙ вебинар «Разбор научных данных: какие ошибки в статистике мешают вам публиковаться?»

Мы выбрали реальные кейсы наших слушателей и на их примере расскажем всем неравнодушным о типичных ошибках в анализе, которые тормозят публикации.

Разбираться в хаосе будут:

📌 Дарья Бородко — превратит любые омики в смысл — выпускница РНИМУ им. Пирогова, сотрудница НИИ общей патологии, эксперт по транскриптомике, эпигенетике и анализу древней ДНК
📌 Елена Рыбина — найдет зарытую истину (или ошибку) в самой запутанной табличке — научный сотрудник лаборатории когнитивной психологии НИУ ВШЭ, экс-учебный аналитик Яндекс.Практикума, преподает методологию исследований, статистику и анализ данных в R

А ещё на онлайн-встрече мы объявим победителей, которые получат грант на обучение от Бластим.

И внимание: записи вебинара не будет ⚠️

Поэтому уже сейчас надо забить окошко в календаре и зарегистрироваться здесь: www.tg-me.com/BlastimR_bot

Больше, чем много вакансий в воскресной подборке Бластим

📍 Международная PhD программа по исследованию рака — DKFZ (Германия)
Открыт набор на международную PhD-программу DKFZ, полностью финансируемую в рамках Cancer Research Academy. Исследования выполняются в Немецком центре исследований рака в Гейдельберге или Дрездене. Нужна магистерская степень, 2 рекомендации, подтвержденные знания английского.
Дедлайн: 24 апреля

📍 Doctoral Researcher in Biodiversity Change — Университет Турку (Финляндия)
Проект направлен на исследование того, как экологические факторы влияют на изменения таксономического и функционального разнообразия бабочек и моли. Предыдущий опыт анализа данных с использованием R нужен, а знания Lepidoptera желательны, но не обязательны.
Начальная зарплата: € 2,4–2,5К в месяц
Дедлайн: 25 апреля

📍 Две PhD-позиции в AI for biomedical research — Варшавский университет (Польша)
Ищут кандидатов с опытом в ML и AI (компьютерные науки, математика, физика) для участия в передовых проектах в рамках программ ERC и European Mission Cancer: разработка новых генеративных AI-методов для открытия антимикробных пептидов и исследование пространственной гетерогенности опухолей легких.
Дедлайн: 27 апреля

📍 Двухлетняя постдок-стипендия: Gene regulatory mechanisms in brain patterning — Университет Умео (Швеция)
Проект по изучению цис-регуляторных механизмов и работы энхансеров во время формирования и дифференцировки мозга позвоночных с использованием современных методов секвенирования (RNA-seq, ChIP-seq, ATAC-seq) и редактирования генома (CRISPR/Cas9).
Дедлайн: 30 апреля

📍 Research Fellow in Microbiology and Infectious Diseases — Университет Сент-Эндрюс (Великобритания)
Исследования в области микробиологии, инфекционных заболеваний и устойчивости к антибиотикам под руководством крутых профессоров + хороший соцпакет.
Зарплата: £ 38–45К в год
Дедлайн: 1 мая

📍 Academic employee in Multiomics Bioinformatics/ Lab Technician — Орхусский университет (Дания)
Департамент зоологии и ветеринарии ищет сотрудников в группу Haja Kadarmideen. Предстоит заниматься анализом биологических данных (чиповых, WGS, транскриптомных эпи/метагеномных данных секвенирования животных и патогенов), строить мультиомиксные пайплайны, разрабатывать новые алгоритмы. Требования: MSc/PhD, опыт биоинформатического анализа в R (Bioconductor, Shiny, dplyr), опыт в геномной биоинформатике и NGS, в построении пайплайнов Nextflow/Snakemake, знание bash, машинного обучения на питоне.
Дедлайн: 5 мая

📍 Scientific Programmer — Утрехтский университет (Нидерланды)
Предстоит разрабатывать базовые модели для протеомики и масс-спека, поддерживать инфраструктуру, учить студентов, а также организовывать хакатоны. Требования: PhD в Computing Science, AI, Bioinformatics, опыт в создании ИИ-моделей, знания Python и дипленинга (Keras, PyTorch, tensorflow), желателен опыт в биоинфе.
Зарплата от € 3К в месяц
Дедлайн: 6 мая

📍 Postdoctoral Researcher: Genomic Language Models for Bacterial Genomes — Политехнический Университет Мухаммеда VI (Марокко)
Разработка GPT-подобной модели для анализа бактериальных геномов. Работа в крупнейшем биоинформатическом центре Африки с доступом к передовым NGS-платформам и самому мощному HPC-кластеру на континенте.
Дедлайн: 9 мая

📍 Principal Investigators — Геномный институт Сингапура, GIS
Мировой центр приглашает кандидатов на должности пиаев для независимых исследований в геномике, молекулярной биологии, технологий RNA, искусственном интеллекте и вычислительной биологии.
Дедлайн: 31 мая

📍 Machine Learning Scientist in Computational Biology — Deep Genomics, North America (Toronto/Cambridge)
Предстоит заниматься созданием ИИ-моделей для системной и структурной биологии, биологии РНК, чтобы решать передовые проблемы драг дизайна. Требования: PhD, знания математики и статистики, опыт создания ML-моделей с помощью PyTorch/TensorFlow/ JAX.

PS Составлено при участии Владимира Шитова, человека наук, преподавателя курса Ученый Будущего

PPS Не забывайте также про стажировки в Бластим

#бластим_вакансии

Воскрес и начал мыслить? История, взрывающая мозг 🤯

В один из весенних дней 2005 года в американском городе Хановер в 6:30 утра Крейг Беннет зашел в супермаркет и попросил продать ему тушку атлантического лосося. Он даже обратил внимание несколько удивленных ранним посетителем продавцов, что рыба ему нужна не просто так, а для науки.

🧠 Крейг — нейросайентист, в то время делал пхд в Дартмутском колледже. Его лаборатория разрабатывала новые протоколы функциональной магнитной резонансной томографии. Это когда человека помещают в сканер и просят подумать над какими-то несложными задачками. Группа собиралась исследовать мозговую активность подростков во время принятия решений. И перед тем, как проводить тестирования на человеке, нужно было откалибровать томограф на фантоме с большой контрастностью. Когнитивисты использовали то, что нашли в местном магазинчике. Сначала в сканер отправилась тыква, потом — курица. Но это всё было не совсем то, поэтому на очереди возникла рыба!

🐟 Итак, нейросаентисты засунули мертвого лосося в сканер. Он оказался отличным фантомом: ученые даже залюбовались прекрасной анатомией рыбины. Чтобы максимально воспроизвести протокол будущих когнитивных тестов (ну или просто по приколу 🤪) Беннет и коллеги буквально обращались с лососем как с подопытным человеком: показывали ему изображения людей в различных социальных ситуациях и любезно просили определить эмоции. После успешной настройки фМРТ сканера, шуточные данные с лососем отправились пылиться на полку.

Прошло 3 года. Когнитивные психологи проводили семинар, где обсуждали подводные камни в области функциональной томографии. И тут вспомнили про нейровизуализацию мозга лосося. Тогда Беннет прогнал старые данные через свой стандартный пайплайн и увидел удивительное. В мозге рыбы обнаружились участки, которые активизировались в ответ на картинки! Вообразить такое было невозможно, но статистические тесты при высочайшем уровне значимости p < 0,001 подтверждали это. Неужели лосось ожил и вдобавок начал мыслить? 👍

🙅‍♂️ Ничего подобного! Дело в том, что для достижения высокого разрешения фМРТ изображений ученые обычно получают тысячи 3D-картинок кусочков мозга за один эксперимент. Это так называемые воксели — то есть объемные пиксели. И для каждого вокселя, проводится свой отдельный статтест. При таком количестве проверок гипотез неизбежно получаются ложноположительные результаты. В случае с лососем среди 8 тыс вокселей было 16 участков мозга, которые будто бы реагировали на эмоции людей на картинках. Чтобы избавиться от подобных ошибок, придумана так называемая поправка на множественные тестирования. Когда Беннет с коллегами воспользовались ею, то все значимые, но совершенно идиотские с точки зрения здравого смысла, результаты исчезли.

В 2008 году Беннету с коллегами удалось представить постер с лососем на конференции Human Brain Mapping, где история вызвала бурную дискуссию. После многочисленных реджектов Беннет и его научный руководитель таки опубликовали статью про лосося в «Журнале случайных и неожиданных результатов». Проблема рукописи была даже не в том, что исследование само по себе было нелепо и отвергалось рецензентами. А в том, что другие нейроученые, дабы уловить тонкие эффекты, пренебрегали поправкой на множественные сравнения, просто считая метод слишком грубым. Это значит, они могли получать фейковые результаты и публиковать их. Кому же понравится разоблачение их ложных открытий? 😈

🧟‍♀️ В 2012 году Беннету с соавторами вручили Шнобелевскую премию за зомби-лосося. Смех смехом, но исследование заставило специалистов в области фМРТ изменить свой подход к обработке данных. Да и остальные ученые в очередной раз задумались о влиянии статистики на нашу интерпретацию мира. Как важно корректно пользоваться ею, чтобы наша жизнь не превратилась в абсурд. Ну, а где учат грамотной статистике, вы и так знаете.

***
Кстати, а что стало с дохлым лососем? По завершении измерений, лосось, который до сих пор будоражит умы, был благополучно запечен и съеден на ужин 🍽

Если этот текст для вас TLDR, то рекомендуем посмотреть не менее классную видеоверсию

📞 Галочка, ты сейчас умрешь! На четверговый вебинар слушателем зарегистрировался сам преподаватель «статистики и R» Иван Поздняков

Оно и не мудрено! Ведь уже завтра 24 апреля в 19:00 МСК на мастер-класcе Blastim Дарья Бородко и Елена Рыбина будут творить реально нереальные вещи с вашими данными — обязательно стоит посмотреть абсолютно всем ученым 👀

Почему в этот раз будет особенно?

1️⃣ Засунуть нос не в свои дела. Вы узнаете, чем занимаются другие ученые, какие эксперименты они проводят за закрытыми дверьми своих лабораторий и какие у них копятся данные. У коллег ведь всегда и трава зеленее и гранты весомее… Любопытно ж. В Бластим как раз прислали самые разные датасеты: от прогнозирования ишемической болезни сердца до изучения фумаратного дыхания у бактерий. Мы разберем 3 кейса в прямом эфире — на каждый по полчаса. А в конце вебинара будет время для ваших вопросов спикерам 💬

2️⃣ Никаких больше Iris Data. Мы покажем на примерах табличек всамделишных ученых самые частые факапы обработки данных. Вы даже не представляете, как приятно учиться не на своих ошибках! Воочию вы сможете лицезреть, как эксперты виртуозно работают с сырыми результатами экспериментов. Плюс вы услышите о самых актуальных лайфхаках по анализу данных и почерпнете полезные фишки по программированию 💻

3️⃣ Наконец, подарки! Объявим счастливчиков-победителей конкурса грантов на обучение статистике в Бластим. А еще мы приготовили дополнительные призы даже тем, кто не подавался. Абсолютно все слушатели без исключения получат сюрпризы. Какие? Секретики, но можно узнать, если зарегистрироваться 🎁

Скорее записывайтесь на встречу: ссылка для регистрации

Будет только живое общение, только интерактив, только уютный нетворкинг в теплой компании умных и бывалых людей 🔦

Регистрация в 2 клика, а пользы — на годы вперед: www.tg-me.com/BlastimR_bot

🔜 Уважаемые коллеги, остается меньше часа до старта нашего вебинара!

Уже совсем скоро Дарья Бородко и Елена Рыбина будут в прямом эфире разбирать до винтиков ваши датасеты, делиться лайфхаками в анализе данных, отвечать на вопросы и устранять все-все препятствия, которые мешают вам публиковаться ✨

➡️ Если вы еще не зарегистрировались, поскорее записывайтесь в нашем телеграм-боте @BlastimR_bot и получите инструкции для подключения, а также мегаполезный гайд по статистике от экспертов Бластим

💬 Если у вас остались вопросы по встрече или проблемы с доступом, то пишите нам в @blastim_chat или @varvara_blastim

Сказать, будет круто и полезно — ничего не сказать. Убедитесь сами. Ждем всех в 19:00 мск

🙏 Вера в identity(), надежда на join() и любовь к mutate(): вебинар с настоящим Pipe-тификом

Да, мы держали вас в напряжении, но it was well worth the wait. Уже 29 апреля произойдет поистине божественное: статистик c даром свыше Иван Поздняков проведет сакRальный вебинар «От сырой таблицы до инсайтов: твоя первая обработка данных на R за один вечер».

Впервые похожую встречу Иван провел год назад. Это должен был быть «мягкий интродакшн». Но все правила были снесены энергией Ивана: он выдал такой поток информации, что участники до сих пор вспоминают тот день с загадочной улыбкой. Головы кипели, но глаза горели. И вот, мы возвращаемся. Только теперь с новой фишкой 😶

❓А мне точно нужен этот мастер-класс?
R — популярнейший язык программирования, специально заточенный под анализ данных в науке. Универсальный навык, который приятно иметь при себе для любых поворотов судьбы. С первого взгляда R может вызвать ощущение бардака: словно сумка, полная важных мелочей. Нужное всегда оказывается где-то на дне. На вебинаре мы как раз все достанем и разложим по полочкам.

За 3 часа от отрицания к принятию и полная исповедь:
❕установка rstudio (posit)
❕базовый R — загрузка данных и первые таблицы
❕dplyr и ggplot2 — главные инструменты для толкового анализа
❕Quarto — волшебные отчёты, которые хочется показывать
❕фишки, приемы и житейские советы от Ивана Позднякова — проверенные, понятные и местами гениальные

❓А стоит ли идти, если я был(а) в прошлом году?
Конечно. Потому что знания — как глазурь на куличе. С каждым новым слоем только вкуснее. Да и каждый вебинар Ивана — неповторимая авторская проповедь. Даже мы не знаем, куда он уведет нас на этот раз.

❕А вот с чего начнем — знаем. Но о данных, с которыми будем работать, расскажем завтра. Только намекнем: это точно то, что интересует любого подписчика нашего канала. Есть идеи? Делитесь в комментариях (пасхалки ищите на картинке) 🤫

Когда? 29 апреля, 19:00 мск
Регистрация тут: www.tg-me.com/BlastimR_bot?start=222577

На вебинаре мы обратим вас в R-ство 😇

ВНИМАНИЕ: хотите больше, чем один вебинар? Не надо молиться на ночь, Дездемона, надо регистрироваться на полный курс «Статистика, R и анализ данных». Ведь сегодня последний вечер действует самая минимальная цена. Плановое повышение уже на пороге — не трагедия Шекспира, конечно, но цена взлетит драматично.

🍴 Бластим снова покусился на святое, на зарплаты

Уже много лет наша команда делает обзоры зарплат в российском биотехе. Благодаря порталу с вакансиями blastim.ru мы получаем доступ к зарплатным вилкам и другой закрытой информации 🧜

Мы знаем рынок изнутри, без прикрас. За нашим обзором зарплат охотятся и HR, и соискатели. Там, где мы показываем результаты, собираются сотни людей, а в зале только и щелкают камеры смартфонов. Давайте проверим, насколько хорошо вы чувствуете рынок. Угадаете тренды последних лет?