Четверг — рыбный день

Десять лет назад, осенью 2014 года, в Nature Genetics вышла статья, где ученые из китайской академии рыбного хозяйства сообщили о сборке генома Cyprinus carpio. Обыкновенный карп имеет важное продовольственное и декоративное значение. Однако карп не стал «рыбой моей мечты», а превратился в притчу во языцех среди биоинформатиков.

После добавления генома карпа в публичные базы данных начали происходить странные дела. Многие ученые при обработке NGS-данных других организмов внезапно стали находить совпадения между своими образцами и геномом карпа. Контаминация рыбной ДНКой? Возможно, но нет: секвенирование проводили разные лаборатории в разные годы. Да и их объекты не были связаны с водоемами. Каким же образом везде затесалась рыба-карп?

Вооружившись BLAST’ом, биоинформатики-детективы провели собственное расследование. Выяснилось, что китайские специалисты допустили мальчишескую ошибку: по всей видимости, они не провели тримминг технических последовательностей. Для одних целей это не имеет серьезного значения, но для сборки генома — очень существенно. Так, база данных NCBI оказалась загрязнена «франкенкарпом» с кусками иллюминовских адаптеров в разных местах. Имеет ли смысл такой геном — жирный вопрос, но еще грустнее, что забыть вырезать адаптеры — это вообще частая оплошность. Вот так случается: сборка, на которую были потрачены месяцы или даже годы, — теперь байка на посиделках геномщиков у костра на рыбалке.

Мораль
Конечно, сегодня секвенаторы и программы усовершенствовались, да и контроль качества чтений — не бином Ньютона по сравнению с другими этапами NGS-пайплайна. Однако карпма настигает тех, кто невнимательно относится к своей работе. Чтобы не попадаться на крючок, стоит глубже погружаться в омут биоинформатики и набираться мудрости у профи. Как мы и делаем на «Анализе NGS-данных» 🐟