Il gameplay di Fire Emblem Shadows combina strategia in tempo reale e deduzione sociale. Uno dei tre alleati che partecipano a ogni battaglia è segretamente un infido discepolo dell'ombra. I giocatori scelgono di assumere il ruolo di un discepolo della luce, che mira a trovare la strada attraverso il labirinto, o di un discepolo dell'ombra.

Dopo la battaglia iniziale, i giocatori votano per determinare chi ritengono sia l'infido discepolo dell'ombra. L'esito del voto determina se la battaglia successiva sarà più favorevole o più impegnativa. La chiave per l'esito della battaglia successiva è se i discepoli della luce riusciranno a scoprire correttamente il traditore, o se il discepolo dell'ombra riuscirà a ingannare gli altri.