Telegram Web Link
#از_R_لذت_ببریم

ادغام و الحاق دو جدول (یا همان فرمت دیتافریم) در R یکی از لذت بخش ترین مراحل کدنویسی است که کاربردهای بسیار زیادی داره. خصوصا زمانی که خروجی های متعددی دارید و میخواهید همه آنها را یکپارچه در یک جدول یا دیتافریم نمایش بدید. کمی آشنایی با نظریه مجموعه ها و مفهوم اشتراک، اجتماع، تفاضل متقارن و ... می تونه به شما در استفاده از دستورهای merge از پکیج base و خانواده دستورهای join از پکیج dplyr کمک شایانی بکنه. برای آشنایی بیشتر مطالعه راهنمای زیر را پیشنهاد می کنم:

t.ly/s2Sv

@JafaRiLab
👍5
#از_R_لذت_ببریم

هنوز از پاورپوینت نمی تونی دل بکنی؟
هنوز فکر می کنی که سریعترین و بهترین راه برای آماده کردن اسلایدهای یک ارائه علمی، پاورپوینته؟

بهتره به این مقاله یه سر بزنی و ببینی که به راحتی می تونی نتایج تحقیقت را به کمک زبان شیرین R به صورت های مختلف، گزارش دهی کنی از جمله پاورپوینت. فقط کافی یه مقدار وقت بگذاری و با فرمت Rmd آشنا بشی. بعدش تمرکز کاملت را بگذاری روی محتوای ارائه ات، چون R بسیاری از کارهای لازم برای قالب اسلایدها را خودکار برات فراهم می کنه. به این مقاله نگاه کن برای جزئیات بیشتر:

t.ly/fN0Q

@JafaRiLab
👍9
#یادداشت

افزایش تعداد ارجاع به مقاله پژوهشی

اهمیت تعداد ارجاع یا سایتیشن برای محققین در رشته های مختلف پوشیده نیست. جذب گرنت، استخدام در پوزیشن های شغلی جدید و حتی گرفتن ترفیع یا پروموشن در زندگی آکادمیک همگی به نوعی تحت تاثیر تعداد ارجاع قرار می گیره. البته واضحه که اگه شما در مجله مشهورتر و با ایمپکت فاکتور بالاتر بتونی مقاله ات را چاپ کنی قطعا باید انتظار سایتیشن های بیشتری داشته باشی.
اما به هر حال امروزه تمامی مقالات در بستر اینترنت منتشر می شن و آشنایی با این بستر و به طور خاص روش کار موتورهای جستجو در دیده شدن مقاله شما در وهله اول و متعاقب اون تعداد ارجاع به مقاله شما تاثیر داره. بیش از نیمی از ترافیک کتابخانه آنلاین انتشارات وایلی WILEY، از Google و Google Scholar و سایر موتورهای جستجو هست و برای همینه که امروزه ناشران و مجلات بر روی استراتژی های سئو برای کمک به بهبود استناد مقالات خود تمرکز کردن.
در این پست ویرگول، چند نکته برای افزایش ارجاع (قبل و بعد از چاپ مقاله) آوردم که در ادامه در موردش توضیح میدم....

@JafaRiLab

https://vrgl.ir/dDsVI
🤩4👍2
JafaRiLab pinned «#یادداشت افزایش تعداد ارجاع به مقاله پژوهشی اهمیت تعداد ارجاع یا سایتیشن برای محققین در رشته های مختلف پوشیده نیست. جذب گرنت، استخدام در پوزیشن های شغلی جدید و حتی گرفتن ترفیع یا پروموشن در زندگی آکادمیک همگی به نوعی تحت تاثیر تعداد ارجاع قرار می گیره.…»
#آگهی
👇👇👇
پست زیر به درخواست یکی از همکاران آورده شده است و محتوای آن ارتباطی با آزمایشگاه ندارد
👇👇👇
Forwarded from Zahra Salehi
سلسله وبینارهای آموزشی آنالیز داده های امیکس- تحلیل داده های توالی یابی کل اگزوم

فرصتی بی نظیر برای افزایش دانش و مهارت تحلیل داده

کسب توانایی تحلیل و تفسیر بالینی جهش های ژنتیکی دخیل در بیماری ها

آشنایی با تدوین گزارش بالینی در آزمایشگاه های ژنتیک

همراه با پرسش و پاسخ

زمان: 12 اسفند‌ماه 1400، ساعت 8 الی 16

برای اطلاعات بیشتر و ثبت نام، از اینجا 👇 اقدام کنید:
🔸sysbioma.com
🔸️http://instagram.com/sysbioma
🔸09050420722
🔸02188224007
👍3
#از_R_لذت_ببریم

لوله کشی کدهای R

در مورد عملگر پایپ (%<%) قبلا هم در کانال صحبت کردم که چطور کمک می کنه تا از ایجاد متغیرهای اضافی و توابع تودرتو خلاص بشیم. اما به علت اهمیت استفاده از این عملگر در داشتن کدی زیبا، تمیز و درعین حال کارآمد، پیشنهاد میدم که مقاله زیر را مرور کنید:

t.ly/YIvJ

@JafaRiLab
4👍2
#از_R_لذت_ببریم

ویرایش داده ها در R

هنوز از اکسل نمی تونی دل بکنی؟
هنوز فکر می کنی که سریعترین و بهترین راه برای کار با داده ها، اکسله؟🧐😥

اگر فکر می کنی که توی R و RStudio برخی امکانات موجود در Excel را از دست دادی مثل ویرایش دستی داده ها، سخت در اشتباهی!!!😉😊
مثلا این چند خط را امتحان کن و اگه خواستی بیشتر بدونی صفحه زیر را مطالعه کن:


install.packages("DataEditR")

# Load required packages
library(DataEditR)

# Save output to R object & csv file
mtcars_new <- data_edit(mtcars,
save_as = "mtcars_new.csv")

t.ly/SIVc

@JafaRiLab
👍8
#آگهی
👇👇👇
پست زیر به درخواست یکی از همکاران آورده شده است و محتوای آن ارتباطی با آزمایشگاه ندارد
👇👇👇
#آگهی

زیست پزشکی شبکه ای

علم شبکه یک رویکرد ریاضی مبتنی بر داده برای کشف پیچیدگی سامانه ها است. سامانه های پیچیده زیست شناختی را می‌توان با استفاده از انواع مختلف شبکه‌ها برای درک بهتر زیست‌شناسی مکانیکی مدل‌سازی کرد. در این سخنرانی، من سفر خود را برای پرداختن به سؤالات بیولوژیکی با استفاده از نظریه گراف به عنوان یک بستر شرح خواهم داد. همچنین برخی از بسته‌های R را که ایجاد کرده‌ایم، از جمله IMMAN، CINNA، و NIMAA، به همراه کاربردها و پس زمینه مسائل زیستی آنها، بررسی می‌کنم.

via Zoom: request the link by email: [email protected]

https://www.aalto.fi/en/events/hiit-special-seminar-mohieddin-jafari-network-biomedicine-what-graph-theory-helps-me-to
#از_R_لذت_ببریم
نسخه جدید (R (4.1.3 با نام "One Push-Up" منتشر شده است.

@jafaRilab
👍9
#از_R_لذت_ببریم

انواع داده و ساختار داده در R

به این ارورها (خطاها) زیاد برمی خوری؟ 😩😩

Error in x$ed : $ operator is invalid for atomic vectors
Error in sort.list(y) : ‘x’ must be atomic for ‘sort.list’
Error: invalid subscript type ‘list’
Error: undefined columns selected
Error: (list) object cannot be coerced to type ‘double
.....
...
.
😤😡🤯

بسیاری از ارورهایی که شما در برنامه نویسی در R باهاش مواجه میشی خصوصا در اوایل کار به علت نشناختن یا کم شناختن این دو مفهومه یعنی مفهوم انواع داده یا Data Type و مفهوم ساختار داده یا Data Structure

مطالعه این دو مقاله البته به همراه تمرین، بسیاری از اینگونه مشکلات در برنامه نویسی را مرتفع می کنه:

(۱) t.ly/A2Uy
(۲) t.ly/zGs1

@JafaRiLab
👍3🤩1
#از_R_لذت_ببریم

ورژن R-4.2.0 به زودی منتشر می شود

نزدیک به یک سال از انتشار ورژن R-4.1.0 گذشته و شاهد پیشرفت های متعددی در این زبان بودیم. آقای Colin Gillespie نویسنده کتاب Efficient R Programming چند مورد از تغییراتی که به زودی (تا دو هفته دیگه) در ورژن بعدی باهاش مواجه میشیم را در این بلاگ پست فهرست کرده که خواندنش خالی از لطف نیست.

به نظر من از همه مهمتر بروزرسانی جدید عملگر پایپ هست. به این مثال توجه کنید:

#This works in R 4.2
mtcars |>
lm(mpg ~ disp, data = _)

با شکل جدید این عملگر یا همون پایپ بومی😉 (native pipe) حتما قبلا آشنا شدید. اگر کسی هنوز از پایپ های قدیمی استفاده می کنه می تونه به شکل زیر رجوع کنه تا از طریق Global option فعالش کنه.

اما نکته اینجاست که با استفاده از یک عملگر جدید یعنی آندرلاین (_) که بهش میگن placeholder، شما می تونی همزمان از پایپ استفاده کنی و در عین حال آرگومنت مربوطه را هم مشخص کنی.

@JafaRiLab
👍31🤩1
#نرم_افزار_جدید_ما
#از_R_لذت_ببریم

نسخه جدید پکیج نرم افزاری NIMAA, v0.2.1 هم اکنون در مخزن CRAN از طریق این لینک قابل دسترس است. با استفاده از این پکیج، قادر به داده کاوی از داده های اسمی به کمک شبکه های دوبخشی خواهید بود.

همچنین پیش نویس مقاله این پکیج در وبسایت bioRxiv از طریق این لینک در دسترس عموم هست.

در نسخه جدید، vignette این پکیج هم بروز شده است که از طریق این لینک قابل مشاهده است.

@JafaRiLab
👍4
#مقاله_جدید_ما

عنوان:

مدل‌های شبکه دوبخشی برای طراحی درمان‌های ترکیبی در لوسمی میلوئید حاد

چکیده:

- درمان ترکیبی به دلیل کارآمدی و ایمنی آن نسبت به تک‌دارو درمانی در معالجه سرطان ترجیح داده می‌شود. با این حال، شناسایی ترکیبات دارویی موثر، زمان گیر و هزینه بر است.

- ما روشی را برای شناسایی ترکیب‌های دارویی بالقوه با مدل‌سازی شبکه دوبخشی داده‌های پاسخ دارویی بیمار پیشنهاد کردیم.

- در این مدل، میانه بقای سلول به عنوان اندازه‌گیری قدرت دارویی برای بازسازی یک شبکه دوبخشی وزن‌دار استفاده شد تا برهمکنش‌های نمونه-دارو مدلسازی شده و خوشه‌های گره‌ها در دو شبکه تصویرشده (Projected networks) به منظور پیشنهاد ترکیب های دارویی تعیین گردد.

- در این مطالعه، قدرت و سطح هم افزایی ترکیبات دارویی انتخابی در برابر تک درمانی در سه رده سلولی برای لوسمی میلوئید حاد در شرایط آزمایشگاهی نیز مورد بررسی قرار گرفت.

- این رویکرد، در واقع با استفاده از اطلاعات فنوتیپی (پاسخ دارو در سطح سلول) و لحاظ هتروژنیتی بیماران، قادر به دسته بندی داروها به منظور ارائه کارآمدترین ترکیب دارویی است.

- به عبارتی دیگر، ما در حین معرفی رویکرد داده کاوی اسمی (Nominal Data Mining)، کاربرد آنرا برای بهبود درمان لوسمی میلوئید حاد از طریق درمان ترکیبی ارائه کردیم.

مجله:
Nature Communications
لینک های دسترسی:

https://www.nature.com/articles/s41467-022-29793-5
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/35440130/

@JafaRiLab
🤩6👍2
#یادداشت

داده کاوی اسمی و پزشکی دقیق

این پست ترجمه بلاگ پستی است که در سایت انتشارات نیچر به مناسبت انتشار مقاله "Bipartite network models to design combination therapies in acute myeloid leukaemia" در مجله Nature Communications، در کانال Nature Portfolio Cancer Community تحت عنوان Behind the Paper منتشر شده است. Behind the Paper عنوان مجموعه بلاگ پست هایی است که محققان به داستان های واقعی در پشت پرده آخرین مقالات تحقیقاتی شون می پردازند تا از شکل گیری ایده کار تا انتشار مقاله و بالا و پایین های پروژه تحقیقاتی صحبت کنند.

@JafaRiLab

https://vrgl.ir/vFTAM
👍6
2025/10/22 10:39:54
Back to Top
HTML Embed Code: