Реформа, предпринятая А.Н. Косыгиным и его единомышленниками, действительно создавала хорошие возможности для экономического маневрирования на уровне первичных хозяйственных звеньев. Но она не позволяла преодолеть отчуждение трудовых коллективов от средств производства и его результатов. И те и другие продолжали оставаться в собственности государства (за исключением коллективных хозяйств на селе). Это не позволяло формировать в работниках чувство рачительного хозяина. Во многом ущербность реформы определялась фетишизацией прибыли как обобщённого экономического показателя. В этом случае стремление увеличить прибыль любым путём, в том числе и посредством «накручивания» цен, чем занимались и предприятия, и министерства, приводило к возникновению инфляционной спирали, стимулировало выпуск сверхплановой, зачастую ненужной продукции либо толкало руководителей предприятий к искусственному занижению плановых заданий.
Уже вскоре после начала реформы власти стали убеждаться, что она имеет не только светлые стороны. Создавая благоприятную среду для роста теневой экономики, реформа высвечивала также перспективу безработицы, обострения социальной напряжённости в стране из-за трудностей с обустройством новых рабочих мест.

Одним из проявлений усиления роли частно-групповых интересов была пышно расцветавшая ведомственность, которая лишь способствовала возникновению, росту и широчайшему распространению кланов и групп. Их узконаправленные интересы всё менее и менее соответствовали целям социально-экономического развития советского общества и всё более и более напоминали период накопления первичного капитала, уводящего материально-технические ресурсы в теневую экономику (также скрытую экономику, неформальную экономику) — экономическую деятельность, скрываемую от общества и государства, находящуюся вне государственного контроля и учёта. Критики социализма в СССР утверждают, что теневая экономика существовала всегда (даже в сталинской системе управления народным хозяйством СССР), но в результате реформы 1965—1971 годов она действительно впервые в истории нашего Отечества приобрела столь ярко выраженные формы.

Произошло обюрокрачивание полезного почина, и многие из проводимых реформ превратились в средство отчёта, в формально подготовленные документы. И окончательно они потеряли своё значение при осуществлении лжерыночных преобразований, когда мерилом действий на производстве осталось только одно — получение прибыли. В результате предприятия стали стремительно избавляться от «социалки», от всего того, что улучшало и обеспечивало благополучную социальную жизнь работников. И делалось это во имя финансовых результатов.

Для меня там важна формула централизованной социалистической рентабельности, которая отторгала прибыльность и максимизацию прибыли как цель. И вот в этом смысле мы прибегли к косыгинской реформе с тем, чтобы чуть-чуть добавить личностной инициативы там, где мы не успевали нашими социалистическими преобразованиями добиться своего.

Очень много было совершенно непродуманных решений в период Никиты Сергеевича Хрущёва. Мало того, что он отделил рабочий класс от крестьянства — создал партийные организации промышленные и сельские. На мой взгляд, ликвидация отраслевых министерств — это была очень большая ошибка. Мы и сегодня, кстати, её повторяем, мы потеряли понятие отрасли. Что такое отрасль в нашем понимании? Это единая научно-техническая политика, единая инвестиционная политика, единая политика цен, единая кадровая политика. Сегодня же этого ничего нет! Каждый сам по себе, один бог за всех. То, что делает «Лукойл», не знает «Роснефть». То, что делает «Роснефть», не знает «Сургутнефтегаз», и так далее.

Когда Косыгин стал главой советского правительства, он направил президенту АН СССР Мстиславу Келдышу записку с просьбой дать ему цифры по развитию советской экономики за так называемую хрущёвскую семилетку, которая началась в 1959 году и продолжалась вплоть до его отставки, то есть до начала 1965 года. Келдыш направляет ему сводную записку о состоянии советской экономики на конец 1964 года, которую готовили три академических института. Этот документ до 2020 года не был введён в научный оборот. Согласно этой справке, по всем позициям шёл довольно заметный спад производства. Самая катастрофическая ситуация сложилась в сельском хозяйстве, где темпы роста производства с 1959 по 1964 год вышли в ноль. Жилищное строительство вообще ушло в минус. Нам рассказывают, что Хрущёв облагодетельствовал миллионы людей своими пятиэтажками, но не всё так радужно: более четверти всех пятиэтажек построено в Москве. Но извините, Россия — это не Москва. То есть все эти годы нам пускали пыль в глаза.
Поэтому, условно говоря, Брежнев и Косыгин были вынуждены начать реформу, хотя во время дискуссии 1962—1964 годов о реформе Косыгин был её противником. Тут уместен вопрос: а почему не поставили цель восстановить сталинскую модель, которую разрушил Хрущёв? При Сталине в советской экономике было 265 тысяч артелей и кустарных хозяйств. Они производили значительный объём продукции.  Если номенклатура Госплана составляла примерно 9—9,5 тысячи наименований, то артели выпускали 34 тысячи наименований товаров. Например, 100% детских игрушек, 40% верхнего трикотажа, 30% мебели производили артели. Всем известное наше спортивное общество «Спартак» было обществом «промкооперации», его сделали государственным.
Почему-то Косыгин не вернулся к проторённому пути, проверенному жизнью, который испытал самый суровый экзамен в годы войны.

Эти меры не способствовали созданию той самой машины управления, чтобы двигаться вперёд. И, кстати, американцы сразу оценили решение ЦК создать институты, которые будут заниматься автоматизацией, потому что советники президента США чётко сказали: если русские создадут автоматизированную систему госуправления экономикой — мы проиграли в «холодной войне». Но страна пошла более лёгкой дорогой, мы очень хорошо жили, мы не понимали, что нам грозит. Я не хочу винить Косыгина в том, что он не понимал. Он не был теоретиком, но он понимал, что больше планировать вручную было практически невозможно. Он искал свой выход.