چگونه علوم کامپیوتر، زیست‌شناسی را نجات داد

اولین روش توالی‌یابی پروتئین‌ها را اِدمَن ابداع کرد. اما روش وی با مشکلاتی همراه بود؛ از جمله این‌که امکان توالی‌یابی تنها 50-60 آمینواسید فراهم می‌شد و پروتئین‌هایی با توالی بلندتر باید به قطعات کوچک‌تری شکسته می‌شدند. این‌جا بود که اولین مساله بیوانفورماتیکی مطرح شد. خروجی این روش توالی‌یابی، چند صد آمینواسید بود که باید با ترتیبی صحیح کنار هم قرار می‌گرفتند تا توالی اصلی به درستی رمزگشایی شود و انجام این کار به صورت دستی فرآیندی دشوار به حساب می‌آمد. در نهایت در سال 1960 اولین نرم‌افزار بیوانفورماتیکی برای حل این مساله معرفی شد. هر چند در آن زمان هنوز علمی با این نام مطرح نبود.

برای دریافت متن کامل به قلم رایحه وفایی و سارا فیاض‌زاده، شماره اول رمزیست را از اپلیکیشن طاقچه دریافت کنید.

اینستاگرام رمزیست

#رمزیست #نشریه_رمزیست #انجمن_علمی_دانشجویی_بیوانفورماتیک #بیوفیزیک
#بیوانفورماتیک #دانشگاه_تربیت_مدرس #علوم_پایه #معرفی_مطالب_رمزیست
#معرفی_مطالب_رمزیست
#تاریخ_نگاری #علوم_کامپیوتر #توالی_یابی #آنالیز_پروتئین #بیوانفورماتیک_ساختاری

@ramzist

OSPREY: ابزاری برای بازطراحی پروتئین

تصور کنید می‌خواهید 3 جایگاه از پروتئین صورت مساله‌تان را به طور همزمان جهش دهید و در هر جایگاه به‌طور متوسط5 آمینواسید برای جایگزین شدن کاندید کرده‌اید. تعداد ساختارهای مختلفی که باید شبیه‌سازی دینامیک مولکولی‌شان را بررسی کنید، 5 به توان 3 حالت است و فضای مسئله با توجه به تعداد رزیدوها و امینواسیدهای کاندید می‌تواند بسیار گسترده‌تر باشد. شبیه‌سازی دینامیک مولکولی همان‌طور که فرآیندی بسیار کارآمد جهت ارزیابی ساختارها پیش از ورود به مرحله آزمایشگاهی است. هزینه زمانی فراوانی دارد و بررسی این تعداد حالت بسیار زمان‌بر و گاه غیرممکن است.

برای دریافت متن کامل به قلم علیرضا دوست‌محمدی، شماره اول رمزیست را از اپلیکیشن طاقچه دریافت کنید.

اینستاگرام رمزیست

#رمزیست #نشریه_رمزیست #انجمن_علمی_دانشجویی_بیوانفورماتیک #بیوفیزیک
#بیوانفورماتیک #دانشگاه_تربیت_مدرس #علوم_پایه #معرفی_مطالب_رمزیست
#معرفی_مطالب_رمزیست
#مهندسی_پروتئین #OSPREY #آزمایشگاه_بیوانفورماتیک_دانشگاه_تربیت_مدرس

@Ramzist

هر بار ساز و کار طبیعت را فهمیدیم، تغییرش دادند

تا وقتی باورهای کنونی ما بتوانند دنیای اطراف و مشاهدات ما از آن را به شکل مناسبی توضیح دهند، معمولاً دلیل مناسبی برای زیر سوال بردن این باورها به وجود نمی‌آید. در زمان‌های گذشته این مساله بارزتر بود. در آن زمان انسان برای بقا در دنیایی تلاش می‌کرد که درک و شناخت خیلی کمی نسبت به آن داشت و هدف از شناخت هر چیزی تنها کاربرد عملی آن بود. پس تا وقتی زندگی با الگو و باور کنونی به بروز بحران منجر نمی‌شد، دلیلی برای تجدید نظر در این الگو وجود نداشت.

برای دریافت متن کامل به قلم امیر ضرغامی و سارا فیاض‌زاده، شماره اول رمزیست را از اپلیکیشن طاقچه دریافت کنید.

اینستاگرام رمزیست

#رمزیست #نشریه_رمزیست #انجمن_علمی_دانشجویی_بیوانفورماتیک #بیوفیزیک
#بیوانفورماتیک #دانشگاه_تربیت_مدرس #علوم_پایه #معرفی_مطالب_رمزیست
#میاسما #توماس_کوهن #جان_اسنو #پارادایم

@Ramzist

حضور رمزیست در اولین همایش بین‌المللی و دهمین همایش ملی بیوانفورماتیک ایران به میزبانی جزیره کیش

@Ramzist

رمزیست برترین نشریه دانشجویی تخصصی علوم پایه به انتخاب جشنواره تیتر 12

شماره اول رمزیست را در اپلیکیشن طاقچه بخوانید.

@Ramzist

«دو فصل نامه علمی رمزیست ـ شماره دوم ـ پاییز و زمستان ۱۴۰۰» را از طاقچه دریافت کنید:

https://taaghche.com/book/124145

@Ramzist

📣 آخرین مهلت ارسال آثار به نشریه رمزیست 📣



🗓 مهلت ارسال آثار تا ۱۵ شهریور ۱۴۰۱ تمدید شد.



📝 از علاقه‌مندان به حوزه بیوانفورماتیک دعوت می‌شود آثار خود را تا پایان این تاریخ به آدرس ایمیل این نشریه ارسال نمایند.


📗دریافت نسخه دوم نشریه رمزیست در اپلیکیشن طاقچه

🔸اینستاگرام رمزیست

🔸تلگرام رمزیست

#نشریه_رمزیست #بیوانفورماتیک #رمزیست
#انجمن_علمی_دانشجویی_بیوانفورماتیک #دانشگاه_تربیت_مدرس

◼️در بخش گفتگوی هر شماره در صحبت با سرآمدان و متخصصان حوزه بیوانفورماتیک و رشته‌های مرتبط، به معرفی این رشته و کاربردهای آن در حوزه صنعت و کارآفرینی می‌پردازیم.

در این شماره گفتگوی رمزیست با دکتر صفوی و دکتر چیت‌سازیان از شتاب‌دهنده بن‌دا لب، یکی از موفق‌ترین شتاب‌دهنده‌ها در حوزه بیوتکنولوژی را بخوانید.


📚 دریافت نسخه الکترونیکی نشریه، از طریق اپلیکیشن طاقچه



🔸اینستاگرام رمزیست

🔸تلگرام رمزیست


#معرفی_فصل_های_رمزیست
#نشریه_رمزیست #بیوانفورماتیک #رمزیست
#انجمن_علمی_دانشجویی_بیوانفورماتیک #دانشگاه_تربیت_مدرس
#گفت_و_گو

◼️در بخش پیش‌خوان هر شماره قصد داریم برخی اخبار علوم و فناوری‌های مرتبط با بیوانفورماتیک را با هم مرور کنیم.

🔬 در این شماره، با کاربرد هوش مصنوعی در مطالعه اجزای سلولی و تاثیر میدان کوانتومی روی یک موجود زنده آشنا می‌شویم.


🧩اگر علاقمند به خبرنگاری علمی هستید، در تیم رمزیست از حضور شما استقبال می‌شود.

📚 دریافت نسخه الکترونیکی نشریه، از طریق اپلیکیشن طاقچه

🔸اینستاگرام رمزیست

🔸تلگرام رمزیست



#معرفی_فصل_های_نشریه_رمزیست #انجمن_علمی_بیوانفورماتیک #بیوانفورماتیک #دانشگاه_تربیت_مدرس #رمزیست
#پیشخوان

◼️تاریخ، روایتی از گذشته است. اما چرا بررسی آن برای ما از اهمیت بالایی برخوردار است؟ در پاسخ به این پرسش باید گفت، از جهتی تاریخ مملو از تجارب گذشتگان است، آزمون و خطاهایی که قدم زدن در این مسیر پر پیچ و خم را ممکن می‌کنند؛ مانند روش کار آزمایشگاهی که اگر مطابق آن عمل نشود، آزمایش نتیجه‌ نامعتبر می‌دهد. از سویی دیگر، خواندن تاریخ به ما یادآور می‌شود که ما نیز زمانی جزئی از آن خواهیم شد و آیندگان داستان ما را روایت خواهند کرد.
روایت تاریخ، تلاشی برای تبدیل دنیا به جایی بهتر برای زیستن، شناخت علم و کمک به درک بیشتر فلسفه حیات است.

📚 دریافت نسخه الکترونیکی نشریه، از طریق اپلیکیشن طاقچه

🔸اینستاگرام رمزیست

🔸تلگرام رمزیست


#معرفی_فصل_های_نشریه_رمزیست #انجمن_علمی_بیوانفورماتیک #بیوانفورماتیک #دانشگاه_تربیت_مدرس #رمزیست
#تاریخ_نگاری

درخت دانش که بر ریشه‌های ریاضیات استوار است با فیزیک، شیمی و زیست‌شناسی رشد می‌کند. شاخ و برگ می‌گیرد و علوم دیگر محض و کاربردی را می‌سازد. به همین دلیل قبل از ورود به هر رشته‌ای آشنایی با علوم پایه اهمیت دارد. موضوع میان رشته‌ای مانند بیوانفورماتیک از این قاعده مستثنی نیست. عمیق شدن در این رشته نیازمند آشنایی با مفاهیم پایه‌ای از ریاضیات، آمار، شیمی، زیست‌شناسی و علوم کامپیوتر است. با توجه به این نیاز، در بخش ذره‌بین این مفاهیم پایه بررسی می‌شود.
در این شماره، از نظریۀ بازی و بازی‌های تکاملی با ذکر مثالی کاربردی در زیست‌شناسی و درک عملکرد DNA با کمک نظریۀ گره‌ها صحبت خواهد شد.

📚 دریافت نسخه الکترونیکی نشریه، از طریق اپلیکیشن طاقچه

🔸اینستاگرام رمزیست

🔸تلگرام رمزیست

#معرفی_فصل_های_نشریه_رمزیست #انجمن_علمی_بیوانفورماتیک #بیوانفورماتیک #دانشگاه_تربیت_مدرس #رمزیست #ذره_بین

وقتی سخن از علم به میان می‌آید، توجه‌ها سمت علومی چون ریاضیات، فیزیک و شیمی جلب می‌شود. اما این تنها یک بعد از علم است. جدای از کاربردهای علم در زندگی روزمره مانند فناوری، پزشکی و کشاورزی، ابعاد دیگری نیز برای علم وجود دارد که مورد توجه همه است. برای مثال مباحث مربوط به فلسفه علم و روش‌های علمی که پای فیلسوفان را به این حوزه باز می‌کند و رابطه اخلاق، جامعه و سیاست با علم که توسط اندیشمندان این حوزه‌ها مطالعه می‌شود. از طرف دیگر، نحوه تعامل میان مردم عادی و علم نیز از دیگر مباحث نیازمند توجه است.
در این شماره، از نسبت علم و استعمار و پیامدهای ماندگار آن در سراسر جهان خواهیم گفت و در ادامه، از نقش سلبریتی‌های علمی در ترویج شبه علم صحبت می‌کنیم.

📚 دریافت نسخه الکترونیکی نشریه، از طریق اپلیکیشن طاقچه

🔸اینستاگرام رمزیست

🔸تلگرام رمزیست

#معرفی_فصل_های_نشریه_رمزیست #انجمن_علمی_بیوانفورماتیک #بیوانفورماتیک #دانشگاه_تربیت_مدرس #رمزیست #در_باب_علم

بیوانفورماتیک، طیف وسیعی از مباحث را در برمی‌گیرد، از بررسی حیوانات و گیاهان گرفته تا مطالعات ژنومیک و پروتئومیک. از طرفی پیشرفت روزافزون رویکردها و روش‌ها، زمینه‌های ظهور مباحث نوین در این حوزه را فراهم می‌کند و پیوسته بر گستردگی این علم می‌افزاید. بخش کانون ما را با مباحث تخصصی این رشته آشنا و ابزارها، پایگاه‌های داده، مباحث نوین و تازه‌های این حوزه را معرفی می‌کند.
در این شماره، از اهمیت روش‌های نوین توالی‌یابی DNA، هوش مصنوعی، یادگیری ماشین و ابزارهای بیوانفورماتیک ساختاری در مطالعه، شناسایی انواع جدید COVID-19، کشف و طراحی دارو و واکسن جهت مبارزه با آن صحبت می‌کنیم. همچنین در ادامه مروری بر کاربردهای چاپ چهاربعدی در زیست‌شناسی خواهیم داشت.

📚 دریافت نسخه الکترونیکی نشریه، از طریق اپلیکیشن طاقچه

🔸اینستاگرام رمزیست

🔸تلگرام رمزیست

#معرفی_فصل_های_نشریه_رمزیست #انجمن_علمی_بیوانفورماتیک #بیوانفورماتیک #دانشگاه_تربیت_مدرس #رمزیست #کانون

«دو فصل نامه علمی رمزیست ـ شماره دوم ـ پاییز و زمستان ۱۴۰۰» را از طاقچه دریافت کنید
You can gain access to the second issue of the biannual scientific publication, Ramzist on the Taaghche application:

تلگرام رمزیست
Follow us on Telegram

#رمزیست #نشریه_رمزیست #انجمن_علمی_دانشجویی_بیوانفورماتیک #بیوفیزیک
#بیوانفورماتیک #دانشگاه_تربیت_مدرس #علوم_پایه
#Ramzist #RamzistPublication
#BioPhysics #BioInformatics
#TMU

توالی‌یابی راهی برای شناسایی انواع جدید کرونا

اگرچه ویروس‌ها در دستهٔ موجودات زنده قرار نمی‌گیرند؛ اما حاوی مادهٔ ژنتیکی هستند و با ورود به بدن میزبان شروع به رشد و تکثیر می‌کنند. در ویروس‌ها هم جهش‌هایی صورت می‌گیرد و با گذشت زمان این جهش‌ها جمع می‌‌شوند و یک نوع ویروس را از دیگری متمایز می‌کنند. ژنوم یک نوع نگران کننده می‌تواند شامل ۵ تا ۳۰ جهش باشد. در مورد ویروسی که باعث COVID-19 می‌شود، جهش‌ها می‌توانند توانایی ویروس را در انتشار، ایجاد عفونت یا حتی فرار از سیستم ایمنی تغییر دهند.

📚برای دریافت متن کامل به قلم مریم‌ رفیعی‌پور، شماره دوم رمزیست را از اپلیکیشن طاقچه دریافت کنید.

اینستاگرام رمزیست

#رمزیست #نشریه_رمزیست #انجمن_علمی_دانشجویی_بیوانفورماتیک #بیوفیزیک
#بیوانفورماتیک #دانشگاه_تربیت_مدرس #علوم_پایه #معرفی_مطالب_رمزیست #تکامل #نظریه_بازی_ها

یکی بود، شاید هم هیچکسی نبود!

حیات قدمتی طولانی دارد، دایناسورها از مشهورترین موجودات منقرض شده، هستند که آغاز حیات آن‌ها به ۲۵۰ میلیون سال قبل بر می‌گردد؛ اما تاریخ حیات به معنای واقعی کلمه به زمانی خیلی خیلی پیش‌تر از این‌ها می‌رسد. قدیمی‌ترین فسیل‌های شناخته شده متعلق به 3.5 میلیارد سال پیش هستند، یعنی ۱۴ برابر سن قدیمی‌ترین دایناسورها. ثبت فسیل‌ها همچنان ما را به سال‌هایی قبل‌تر نیز می‌برد، در آگوست ۲۰۱۶ محققین فسیلی را یافتند که به نظر می‌رسید متعلق به یک میکروب مربوط به 3.7 میلیارد سال پیش باشد. خود زمین ما 4.5 میلیارد سال عمر دارد.

📚برای دریافت متن کامل به قلم رایحه وفایی، شماره دوم رمزیست را از اپلیکیشن طاقچه دریافت کنید.

اینستاگرام رمزیست

#رمزیست #نشریه_رمزیست #انجمن_علمی_دانشجویی_بیوانفورماتیک #بیوفیزیک
#بیوانفورماتیک #دانشگاه_تربیت_مدرس #علوم_پایه #معرفی_مطالب_رمزیست
#داستان_شکل_گیری_حیات

آیا تکامل هم یک بازی است؟

شاید به جرئت بتوان گفت تاثیرگذارترین فرد در توسعۀ نظریۀ باز ی‌ها، جان نش ریاضی‌دان آمریکایی بوده است. اگر فیلم معروف ذهن زیبا را دیده باشید، احتمالاً با زندگی‌نامۀ وی به طور کامل آشنا هستید. جان نش به خاطر مطالعاتش در زمینۀ کاربرد نظریۀ بازی‌ها در اقتصاد برندۀ جایزه نوبل شد. اما یکی از مهم‌ترین مفاهیمی که جان نش در نظریۀ بازی‌ها بیان کرد، مفهوم تعادل نش است.

📚برای دریافت متن کامل به قلم احمدرضا رسولی، شماره دوم رمزیست را از اپلیکیشن طاقچه دریافت کنید.

اینستاگرام رمزیست

#رمزیست #نشریه_رمزیست #انجمن_علمی_دانشجویی_بیوانفورماتیک #بیوفیزیک
#بیوانفورماتیک #دانشگاه_تربیت_مدرس #علوم_پایه #معرفی_مطالب_رمزیست

جان سخت کوانتومی!

امکان قرار گرفتن یک موجود زنده در درهم تنیدگی کوانتومی یکی از سوالاتی است که بشر از دیر باز به دنبال پاسخ آن بوده است. در سال ۲۰۱۵ دو فیزیکدان از دانشگاه‌های Tsinghua چین و Perdueآمریکا، روش جالبی را برای قرار دادن هم‌زمان یک موجود زنده در دو مکان ارائه دادند. آ ن‌ها در این روش یک غشای بسیار کوچک و مرتعش آلومینیوم را دچار درهم تنیدگی کوانتومی کردند. به اعتقاد آن‌ها در صورتی که یک ریزارگانیسم در این غشا قرار می‌گرفت می‌توانست با غشاء دچار درهم تنیدگی کوانتومی شود.

📚برای دریافت متن کامل به قلم کریم رحیمیان، شماره دوم رمزیست را از اپلیکیشن طاقچه دریافت کنید.

اینستاگرام رمزیست

#رمزیست #نشریه_رمزیست #انجمن_علمی_دانشجویی_بیوانفورماتیک #بیوفیزیک
#بیوانفورماتیک #دانشگاه_تربیت_مدرس #علوم_پایه #معرفی_مطالب_رمزیست
#تارگرید

تأثیر منابع و ابزارهای بیوانفورماتیک ساختاری بر پژوهش‌های SARS-CoV-2

درک نقش عملکردی ساختارهای سه بعدی، برای فهم تکامل و انتقال ویروس و همچنین هدایت پژوهش‌های درمانی ضروری است. پیش از این نیز، زیست‌شناسی ساختاری در توسعۀ درمان‌های ضد ویروسی برای بیماری‌هایی چون HIV و آنفلوانزا موفقیت آمیز عمل کرده بود. در غیاب واکسن‌های قابل دسترسSARS-CoV-2، از رویکردهای بر پایۀ ساختار، جهت شناسایی آنتی‌ژن‌ها، به‌ویژه پروتئین اسپایک، عامل اصلی عفونت، جهت طراحی دارو استفاده می‌شود. اخیراً چندین مولکول دارویی بالقوه برای استفادهٔ مجدد، براساس الگوریتم‌های مبتنی بر ساختار پروتئین پیشنهاد شده‌اند.

📚برای دریافت متن کامل به قلم سحر برهانی، شماره دوم رمزیست را از اپلیکیشن طاقچه دریافت کنید.

اینستاگرام رمزیست

#رمزیست #نشریه_رمزیست #انجمن_علمی_دانشجویی_بیوانفورماتیک #بیوفیزیک
#بیوانفورماتیک #دانشگاه_تربیت_مدرس #علوم_پایه #معرفی_مطالب_رمزیست
#کرونا #SARSCoV2

خارج از محدوده

بن دا لب یک شتاب‌دهندهٔ زیستی ایرانی است که در سال ۱۳۹۸ تاسیس و بر دو حوزهٔ علم و تجارت متمرکز شده است. چشم انداز بن دا لب خلق زیست کارآفرینی با فراهم آوردن شبکه‌ای از افراد متخصص، زیرساخت‌های لازم شتاب‌دهنده و سرمایه است. بن دا لب ایجاد شد تا بتواند به پژوهش‌گران علوم زیستی کمک کند تا با مدیریت ریسک‌های تجاری و علمی‌شان شرکت‌های موفق بسازند و به زیست کارآفرینان تبدیل شوند.

📚برای دریافت متن کامل به قلم فاطمه فضلعلی و علی بیگدلی، شماره دوم رمزیست را از اپلیکیشن طاقچه دریافت کنید.

اینستاگرام رمزیست

#رمزیست #نشریه_رمزیست #انجمن_علمی_دانشجویی_بیوانفورماتیک #بیوفیزیک
#بیوانفورماتیک #دانشگاه_تربیت_مدرس #علوم_پایه #معرفی_مطالب_رمزیست
#بن_دا_لب #گفت_و_گو