🔥 Эти технологии вызывают восторг

Друзья, мы с удовольствием рассказываем о чудесах, на которые способны нейротехнологии. Сейчас многие делают акцент на разработках Neuralink Илона Маска — при этом сколковские стартапы трудятся над решениями, которые впечатляют не меньше, посудите сами:

👀 «Сенсор-Тех» приблизился к выпуску нейроимпланта, который сможет вернуть зрение абсолютно незрячим людям. Лаборатория планирует начать исследования на добровольцах уже в 2025-м!

🧠 Инновация от «Нейрочат» уже сейчас выручает пациентов по всей стране — разработка компании позволяет людям печатать слова силой мысли и тем самым общаться с окружающими.

🚶«Лифт центр» создает нейроимпланты для восстановления двигательной активности и других утерянных функций организма. Сейчас они проходят испытания на приматах.

❤️‍🔥 Как всегда рассчитываем на обратную связь — поделитесь в комментариях, знали ли вы об этих разработках раньше и какая вам кажется интересней всего?

#бластим_технологии

Друзья, вы знали, что Анна Иванова @lab_mouse, которая многим знакома как эксперт в научных интервью и автор крутейшей книжки про ГМО, прошла нетривиальный путь, чтобы стать биоинформатиком?

А еще Анна — верный друг Бластим, чем мы безумно гордимся! Вдохновляясь примером Анны, мы даже занялись «мышиным» обучением 🐭 и всякими нейросетями!

Бластим не устает повторять: «Каждый может найти себя в биоинформатике», а история Анны тому яркое подтверждение. Смотрите новое видео в нашей рубрике #про_карьеру_по_субботам и... никогда не дочитывайте тексты на баннерах до конца 💙

🧬 И снова 3 сентября: коварный T9 для генов

Недавно мы рассказывали про шуточные аббревиатуры генов. Правда, в прошлом фантазии ученых в их наименовании ограничивали разве что правила приличий. Но сейчас в эпоху компьютеризации появились другие вызовы. Сегодня поведаем о мучительной боли генетиков и биоинформатиков.

20 лет назад фармаколог Барри Зиберг с коллегами выпустили статью, где впервые заговорили об опасности Excel. Разработанный для бухгалтеров и экономистов Эксель — мегапопулярный инструмент электронных таблиц. Программа подкупает и лайфсайнс-ученых приятным, многофункциональным интерфейсом. Но с ней же оказалась связана и проблема — по умолчанию Эксель конвертировал аббревиатуры генов, похожие на даты, в даты! И функцию было невозможно запретить.

В 2016 году австралийские исследователи под руководством Марка Цимана оценили всё количественно. Они проанализировали 35 тыс. дополнительных файлов к статьям по генетике и выяснили, что каждая пятая публикация содержала автокорректы! Например, ген септина SEPT3 превращался в 3 сентября, а убиквитин лигазы MARCH1 в 1 марта. Кроме того, символы генов вроде NAN или NA становились пропущенными значениями, а сокращения наподобие 2E4 (ген каптина) — числами. Среди журналов, которые тиражировали нелепости, фигурировали уважаемые Nature Communications, eLife, PLoS и др. Любопытно, число ошибок положительно коррелировало с импакт-фактором. Это связано с тем, что именно в топовых изданиях публикуются статьи, где анализируют огромные массивы данных, проверить которые крайне сложно.

Экселевский беспредел негативно повлиял на науку. Если Эксель переводил название в дату, то гены терялись при передаче таблиц в другие программы. А если ошибки уже попали в статью, другие авторы начинали ссылаться на искаженные данные. Можно было вручную бороться с Экселем: скажем, ставить апострофы перед названиями генов. Но когда ячеек десятки тысяч, «глазами» уследить за ошибками попросту нереально. Более того, если ученый отправлял исправленную табличку коллеге, то на другом компьютере дефолтные настройки всё равно побеждали.

С 2017 года научное сообщество пыталось разрешить кризис. Но к 2020 комитет HUGO, стандартизирующий названия генов человека, устав ждать ответа от Майкрософт, выпустил обновленные рекомендации по номенклатуре и пошел на радикальный шаг — переименовал 27 генов. Во-первых, попали под раздачу неблагозвучные имена, а во-вторых, целая группа генов, которые конвертировались Экселем в даты. Так, вышеупомянутый MARCH1 трансформировался в MARCHF1.

Можно было ожидать, что меры всё изменят, но увы. В 2021 году тот же Циман с коллегами выпустили обзор с говорящим заглавием «Gene name errors: Lessons not learned», где они проверили 11 тыс. рукописей из PubMed за последние 6 лет. Количество ошибок увеличилось с 20% в 2016 до 30% в 2020! Циман и после этого продолжил с помощью Bash-скрипта сканировать тысячи публикаций и составлять антирейтинг журналов по числу ляпов.

Только в октябре прошлого года Майкрософт наконец-то позволил отключать автоисправление. Всё это время единственными инструментами, которые 100% снимали проблему автозамен, оставались языки программирования, Python или R. Именно для того, чтобы не полагаться на непригодный для научных задач софт и не наступать на одни и те же грабли, мы и зовем всех учиться кодить!

#бластим_технологии

💰Самая крупная венчурная инвестиция последнего времени?

Конечно, в биотех-стартап! Xaira Theurapeutics умудрилась привлечь более 1 млрд долларов на внедрение ИИ в разработку фармпрепаратов. Проект получил поддержку от целого ряда ведущих мировых инвесторов: в первую очередь, от ARCH Venture и Foresite Labs, которые, собственно, инкубировали стартап и в конце апреля вывели из тени. Но зачем Xaira столько денег?

💊 Разработка и выведение на рынок нового лекарства дорогое удовольствие: 10-15 лет времязатрат и миллиарды долларов вложений, 90% которых — неудачные. Генеративный ИИ должен ускорить и облегчить создание инновационных препаратов. И, надо сказать, в случае Xaira всё в руках впечатляющей команды специалистов.

Так, CEO компании назначен экс-президент Стэнфордского университета Марк Тессье-Лавинь. В совет директоров также вошли топ-менеджеры Genentech, Johnson&Johnson, бывший глава FDA и другие. А еще нобелевский лауреат по химии 2022 года Каролин Бертоцци!

🐿 Xaira планирует сотрудничать с лидерами отрасли для всеобъемлющей работы с данными и комплексного применения технологий. Во-первых, стартап будет использовать ИИ. Недаром среди кофаундеров — директор Института белкового дизайна при Вашингтонском университете, прославленный Дэвид Бейкер. Его команда давно занимается проблемой фолдинга, а теперь и конструированием белков de novo с помощью глубокого обучения. Их нейросеть — диффузионная модель RoseTTAFold Diffusion (об этом подробнее было тут). Кстати, в январе 2024 Nature назвал белковый дизайн в списке наиболее перспективных областей, за которыми имеет смысл наблюдать в текущем году.

🧬 Во-вторых, немаловажная роль отводится генерации больших данных для обучения моделей: Xaira будет привлекать сотрудников и интегрировать во внутренние процессы геномные технологии от Illumina, а также протеомику от Interline Therapeutics. Компания еще не определила свое терапевтическое направление, но разрабатывать планирует биологические препараты — антитела и белки.

ИИ давно проникает в фарму. Но впервые венчурные инвесторы сделали на него такую крупную ставку. Больше ничего о Xaira пока неизвестно — следим за развитием событий.

#выходные_у_бластим

Устал учиться у индийцев из YouTube

Друзья, отличные новости: на прошлой неделе наша команда провела конкурс мотиваций выучить питон с Бластим бесплатно. Финалист-победитель — Владимир Алипов, врач, нейрофизиолог, творческая личность🔥

У Владимира амбициозная цель — сильно подтянуть Python, чтобы смочь обработать данные по проекту, от успешности которого зависит вероятность публикации статьи и поступление в NYU на PhD!

Нашего героя ждет трудная, но увлекательная работа: каждый день в чат ему будет приходить задание + видеоматериалы из нашего последнего курса по питону для изучения. Рядом будет дежурить команда-экспертов, которая поддержит, проконсультирует и поможет.

Реалити-шоу «Игра в Питона» началось сегодня, 3 июня. Обещаем делиться с вами роликами, как проходит обучение и какие ощущения у нашего участника. А пока смотрите первое интервью с Владимиром, которое перед стартом у него взял ведущий Динар.

Из ролика вы узнаете:

👨‍🎓 чем занимается Владимир, почему именно питон и какие у него ожидания от экспресс-курса
🧠 сколько же программирования нужно современному нейробиологу
🏆 что он скажет на вручении Нобелевской премии

Ну и, хватит спойлеров. Смотрите интервью и ждите следующих видео! На этой неделе мы выясним, реально ли за неделю выучить основы языка Python так, чтобы сразу приступить к решению своих научных задач.

#бластим_реалити

💪 Как подкачаться летом?

В редакцию Бластим попал идеальный план тренировок навыков на лето и даже осень. Оказывается, за ближайшие месяцы можно гармонично прокачать все скилы под руководством грамотных инструкторов.

Не можем не поделиться с вами:

🧗‍♀️ «Питон для новичков»

Покорить высоту самого популярного языка программирования без подготовки. Автоматизируем рутину, выполним проекты для портфолио и попрактикуем всё, что нужно для решения задач в дата-сайнс, биоинформатике и вообще любом ресёче. Уже идет! Следите в чате: ссылка

🏄‍♂️ 17 и 18 августа «Экспресс Linux»

Двухдневная мощная программа, которая поможет преодолеть барьер командной строки и Bash-скриптов перед началом погружения в NGS. Ссылка: u.to/u2i5IA

🥊 «Анализ NGS-данных» с 9 сентября

Осенний поток классической дисциплины Бластима по анализу данных секвенирования 2 и даже 3 поколения. Подтянемся в bash, R и Python. Капитан команды преподавателей — Евгений Герасимов. Подробнее: u.to/xmi5IA

⛹️‍♂️ «Машинное обучение» с 13 октября

Выполним прыжок в продвинутый Python, пробежимся по статистике и будем много упражняться в важнейших моделях машинного обучения и нейросетях. Learn more: u.to/C2m5IA

🥇 «Статистика, R и анализ данных»

Главный тренер Иван Поздняков сделает из вас чемпионов статистики: вы узнаете об изнанке самых разных статистических тестов и сможете их проводить в одну строчку кода. Всё это благодаря языку R, которому вы тоже обучитесь: u.to/FGm5IA

Можно пройти разминку тут

🏋️‍♀️ «Ученый будущего: интеграция AI в научную работу»

На программе мы сделаем упор на работе с ChatGPT и другими порождающими моделями для внедрения их в рутину и привычку. Узнать тут: u.to/9mi5IA

🏆 Следите за обновлениями: скоро расскажем про классные активности, о которых вы сами нас давно просили!

#бластим_дайджест

Завершаем рабочую неделю пятничной жизой!

Академия «рвется к власти»

2 июня 2024 года на президентских выборах в Мексике с большим отрывом победила Клаудия Шейнбаум. Впервые 130-миллионную страну возглавит женщина-ученый!

Шейнбаум — выпускник и сотрудник Национального автономного университета Мексики (UNAM). Ее родители тоже из академической среды: папа — химик, мама — клеточный биолог, до сих пор изучает молекулярные механизмы фиброза. Клаудия получила степень бакалавра физики, а позже защитила PhD в области энергетики. Над своей диссертацией в 1991-94 гг. она трудилась в Национальной лаборатории им. Лоуренса в Беркли, где изучала энергопотребление в Мексике и других странах.

Активную гражданскую позицию Клаудия демонстрировала со студенческой скамьи. Уже будучи сотрудником Инженерного института UNAM, она участвовала в создании национального реестра выбросов парниковых газов и предлагала внедрить электромобили. В 2000 году Шейнбаум как специалиста в области экологической инженерии мэр Мехико пригласил на пост министра окружающей среды города. Совмещая госслужбу и академическую карьеру, Клаудия реформировала транспортную сеть, что позволило значительно очистить столичную атмосферу.

С 2006 года Клаудия вернулась в науку, публиковалась в ведущих журналах, выступила соавтором доклада Межправительственной группы экспертов по изменению климата, которая в 2007 году получила Нобелевскую премию мира.

В 2018 году Шейнбаум выбрали мэром родного Мехико, где она привнесла научные подходы в практику решения широкого спектра местных проблем. Скажем, дефицит воды удалось сократить благодаря системе мониторинга утечек и сбору дождевой воды. На посту градоначальника Шейнбаум постоянно привлекала экспертов для консультаций, открыла 2 университета, продвигала электрификацию автобусов. В пандемию коронавируса, в отличие от других политиков, она пропагандировала ношение масок. Более того, Шейнбаум с командой строили математические модели для предсказания распространения вируса в регионе и эффективного распределения ресурсов для вакцинации. Клаудия любит работать с данными и опираться на них.

Сейчас главный вызов для новоиспеченного президента — борьба с преступностью. Тем не менее Клаудия Шейнбаум обещала поддерживать зеленые инициативы и финансировать исследования, чтобы сделать Мексику инновационной.

Вот такой любопытный пример, как люди науки свои знания и опыт могут применить на благо общества.

#выходные_у_бластим