Кстати, опрос основан на реальных событиях отзывах 🙃

Если вы еще далеки от принятия, то всегда можете рассчитывать на дружеское плечо от Blastim на этом пути 🤗

Давайте начнем отрицать отрицание 🤐

Почему же Linux нужен и важен:

🟢 Незаменимые навыки
Умение работать с командной строкой и на сервере позволит быть независимым от других специалистов и быстрее решать задачи
🟢 Оптимизация
Биоинформатические программы часто написаны под Linux – знание Bash поможет ускорить работу и сделать ее эффективнее
🟢 Актуальные задачи
Начните самостоятельно анализировать NGS данные. Это не так сложно, как кажется
🟢 Новые карьерные горизонты
Возможность удаленной работы, перспективы в науке и IT

А если вы уже готовы перейти на следующие этапы, то пора на супер-интенсив «Экспресс Linux для NGS»

Что будет:

🔘 Основы работы в Linux, терминале и Bash
🔘 Знакомство с сервером и настройками
🔘 Работа с текстовыми файлами и таблицами
🔘 Скачивание файлов
🔘 Использование tmux для управления сессиями
🔘 Основы текстового редактора vim
🔘 Практическое задание по анализу данных NGS

Дата: 17-18 августа
Время: с 10:00 до 15:00 (Мск)
Формат: онлайн
Стоимость: 3500 р. Успейте до повышения цен 17 июля!

Больше подробностей здесь

Пссс ⚡️ Все зарегистрированные на курс «Анализ NGS-данных» получат доступ к «Экспресс Linux для NGS» в подарок😏

Мальчик: перезагружает компьютер 15 раз, чтобы избавиться от синего экрана Windows
Мужчина: запускает Linux

😵 19 июля при загрузке компьютеров на операционной системе Windows пользователи массово наблюдали синий экран смерти (BSoD), появляющийся при системных ошибках. Причиной стало обновление сторонней программы от компании CrowdStrike, которая занимается кибербезопасностью. Сейчас обновление уже откатили. Полным ходом идут консультации пострадавших пользователей. В результате возможно крупнейшего сбоя в истории нарушилась работа авиаперевозчиков, банков, теле-, радиовещательных компаний и других организаций по всему миру. Пока еще сложно оценить масштабы недовольства клиентов и убытки компаний.

Подобные случаи, к сожалению, не единичны. За последние 10 лет произошло более десятка крупных сбоев в работе облачной платформы Microsoft Azure, длившихся по несколько часов.

Можно ли предотвратить последствия неминуемых ошибок? 🆘
Сбой не затронул пользователей macOS и Linux. Поэтому использование дублирующих операционных систем позволит компаниям подстраховаться в случае возникновения подобных ситуаций и защитить себя от последствий.

😳 А вы бы справились с острой необходимостью пообщаться с «дублером»? Предлагаем проверить навыки общения с командной строкой Linux с помощью нашего теста туть

Есть только одно средство стать культурным человеком – чтение секвенирование🤓

Лишь год назад была опубликована статья, в которой сообщалось, что секвенирование недостающих участков Y-хромосомы завершено и проект «Геном человека» можно считать выполненным.

📖Часто геном сравнивают с книгой, в которой записана вся информация о человеке. Казалось бы, полное «руководство» к жизни уже в наших руках… Но книги хороши только для тех, кто умеет их интерпретировать. Вот и после прочтения ДНК необходим правильный анализ. Так, множество полученных данных стимулировало изучение сложности генома и функций его отдельных генов.

А что с другими «книгами»?

В 2002 году группа исследователей под руководством Крейга Вентера, одного из лидеров проекта «Геном человека», опубликовала статью, описывающую разнообразие морской микробной жизни по результатам секвенирования ДНК из образцов воды. Анализ метагеномов практически сразу вышел за рамки простой таксономической идентификации. Он стал полноценной функциональной геномикой, позволив идентифицировать новые ферменты и метаболические пути – Клондайк XXI века 🪙

Изучение геномов произвело революцию во многих областях, доведя ее до таких масштабов, которые невозможно было себе представить всего 20 лет назад. Сейчас нам доступно секвенирование отдельных клеток, а лаборатории по всему миру могут похвастаться секвенаторами как обычным инструментом. Тенденции подталкивают к миру, где еще через 20 лет мы будем привычны к тому, о чем сегодня боимся мечтать.

Бутылочное горлышко современной геномики – качественный анализ невероятного количества уже полученной информации. Но вы же знаете, что так просто начать путешествие в океане данных вместе с Blastim 😏

#выходные_у_бластим

Подумаю об этом завтра сегодня 🦥

Некоторые эксперты считают, что прокрастинация — это побочный продукт эволюции: нашим далеким предкам было невыгодно заглядывать в далекое будущее, нужно было выживать здесь и сейчас. Но кто же знал, что из-за таких установок людей в 21 веке ждет страшная битва стремления к саморазвитию и желания позалипать в короткие видосики? 🤨

Хорошо, что мы давно на другой ступени эволюции и умеем побеждать коварную прокрастинацию благодаря нашей префронтальной коре. Главное — найти причину откладывания дел. Чаще всего это страх неудачи.

План борьбы:
🫥 Разбить большую задачу на маленькие
🤨 Представить самое плохое, что произойдет в случае неудачи
☹️ Обесценить страхи

Например, вы хотите сменить работу, но боитесь остаться ни с чем. Неизвестность пугает, и это нормально. Давайте снизим уровень глобальности задачи: для смены сферы нужны новые навыки. Это тоже страшно из-за вероятности сделать неправильный выбор. Не хочется проходить долгие и дорогостоящие курсы — а вдруг это не ваше? Для того, чтобы убедиться в правильности решения, попробуйте войти в новую профессию на короткий интервал времени с минимумом вложений. В таком случае, если вам не понравится, вы больше не будете тратить ресурсы и продолжите поиск в другом направлении. Да, возможно, будет грустно, что попытка не удалась, но сколько времени и сил можно сэкономить, не возводя воздушные замки.

Специально для профессионального «переобувания» создан супер-интенсив «Экспресс Linux для NGS». Здесь те, кто сомневаются в своих силах и мотивации, смогут погрузиться в будни биоинформатиков на два дня.

📆 17-18 августа, с 10:00 до 15:00 (Мск), онлайн

🔗 Больше подробностей здесь

А если захотите продолжить погружение в мир анализа данных, то мы предлагаем индивидуальные скидки (равные стоимости интенсива) на прохождение полного курса по анализу NGS 🎁

🧐 Учёные часто суют свой нос в чужие дела увлекаются «расследованиями» в разных областях знаний и достигают успехов. Так, Дерек Эбботт, профессор электротехники из Университета Аделаиды (Австралия), помог идентифицировать загадочного «человека из Сомертона».

😳 В 1948 году на пляже Сомертон нашли тело мужчины. Тайна его личности сохранялась 70 лет. В 2009 году Эбботт начал собственное расследование. Он пытался с помощью ИИ воссоздать лицо погибшего по посмертной маске, хранящейся в Музее полиции. В ходе работы с маской было найдено нечто более ценное: пучки волос, т.е. потенциальный источник генетического материала.
👨‍👩‍👧‍👦 Для поиска родственников используют информацию об однонуклеотидных полиморфизмах (SNP) в геноме. Это вариации в одной паре нуклеотидов ДНК, которые встречаются с определённой частотой в популяции. Совпадения по набору SNP между пользователями позволяют определить родственников. Для анализа нужно от 500 тысяч до 2 миллионов SNP. Однако, при исследовании волос погибшего генетики получили ДНК низкого качества и только 50 000 SNP.
⚡️ Но хорошо, что Эбботт не биолог. Он предложил попытаться выделить ДНК из стержня волос, вопреки стандартным методам криминалистики, где используются только корни. В определении личности полагаются на короткие тандемные повторы (STR) в геноме и длина изучаемой ДНК должна быть большой. Стержень же содержит очень фрагментированную ДНК – это неподходящий материал для получения образцов ДНК нужного качества. Но Эбботт решил, что для анализа SNP подойдет и раздробленная ДНК.
🥳 В итоге Эбботт и коллеги действительно получили образцы ДНК из стержня, детектировали 2 миллиона SNP и построили генеалогическое дерево. Так, личность «человека из Сомертона» была установлена. Вскоре исследователи вышли на живых родственников покойного, проанализировали их ДНК и подтвердили свои результаты.

🤔 Но в этой истории остается еще много интригующего: шпионы, шифры, Хайям, яд... Кто знает, может эти загадки тоже ждут человека, который поменяет правила игры.

#выходные_у_бластим

Свежая подборка вакансий за рубежом ⚡️

💻 Computer Vision – Бельгия
Присоединяйтесь к VIB-KU Leuven Center for Cancer Biology в качестве вычислительного биолога, специализирующегося на анализе изображений и компьютерном зрении. Внесите вклад в исследование рака, развивая передовые методы обработки изображений.

😎 PhD в Молекулярной Микробиологии – Швейцария
The Boeck Lab из University of Basel, ищет PhD студента для изучения легочных инфекций с использованием CRISPR технологий. Идеально подходит для тех, кто имеет опыт в молекулярной биологии и микробиологии.

💻 Научный Сотрудник – Швеция
Umeå Plant Science Centre ищет научного сотрудника для поддержки Metabolomics Platform SciLifeLab. Работайте с продвинутыми методами масс-спектрометрии и разрабатывайте биоинформатические инструменты для анализа данных метаболомики.

📊 Биоинформатик – Великобритания
Immunocore предлагает вакансию биоинформатика в проекте разработки алгоритмов и инструментов анализа биологических данных для борьбы с онкологиями, инфекционными и аутоиммунными заболеваниями.

🤘 Постдок – США
Fischer Lab из Dana-Farber Cancer Institute ищет научного сотрудника для изучения убиквитиновых систем с использованием методов биохимии и структурной биологии.

👩‍💻 Постдоки и PhD студенты – Финляндия
The University of Jyväskylä приглашает присоединиться к проекту DYNANOINT. Группа исследует физические и химические свойства различных наносистем, используя вычислительные методы, основанные на теории функционала плотности, динамических симуляциях и искусственном интеллекте.

👉 Больше вакансий всегда на сайте blastim.ru

#бластим_вакансии

🧬 Метагеномика… Нет, это не приложение от создателей фейсбука. А большое направление в биоинформатике, которое выясняет как устроены те или иные сообщества организмов.

Как функционирует современная метагеномика в эпоху NGS читайте в нашем материале.

1/3

👉 Технологии секвенирования долго применялись для установления последовательности ДНК клеток только одного вида (то есть «чистых культур»), а вот при попытке секвенировать материал из природных образцов возникало немало проблем.

Собственно метагеномика стартовала с секвенирования отдельных ампликонов. И здесь, безусловно, самый известный маркер для прокариот — ген 16s rRNA. По его последовательностям можно оценить разнообразие организмов сообщества. Благодаря этому методу в 1977 году ученые открыли новый домен жизни — Архей.

🌡 Но особенно преобразилась метагеномика с началом эры NGS. А именно стало распространяться полногеномное секвенирование и, соотвественно, Shotgun метагеномика. Она позволила определять таксономию и давать количественную оценку организмов вплоть до вида. Но главное ее отличие заключалось в том, что благодаря упорядочиванию множества различных частей генома каждого организма стало возможно выяснять еще и их функции в сообществе.

2/3

🙂 Какова же последовательность современного метагеномного анализа?

Сначала ДНК образца нарезается случайным образом, после чего фрагменты секвенируются. Затем их необходимо упорядочить и реконструировать в согласованную последовательность, уже по которой можно будет сделать вывод о видовом составе микроорганизмов в сообществе и их роли в нем.

😶 Поскольку данные состоят из коротких считываний (ридов), необходим этап сборки, который создает длинные последовательности из коротких. Далее требуется сортировка «каши» из последовательностей по принадлежности к таксономическим группам — биннинг.

❓ Есть несколько способов определить, какому микроорганизму принадлежит последовательность. Например, это может быть анализ частоты использования кодонов, поскольку известно, что данная характеристика зависит от набора транспортных РНК и представляет собой уникальный «почерк» микроорганизма.
Другой вариант — анализ степени покрытия: широко представленные в сообществе микроорганизмы обладают широким покрытием, слабо представленные — узким. Вместе собираются контиги с одинаковым покрытием.
Кроме того, контиги можно собирать по сигнатурным наборам генов — это гены, которые содержаться в одной копии в любом геноме прокариот. В сборке должен быть полный набор этих единичных генов.

🧙 По итогу сборки получаются MAGи. MAG — это геном, собранный с помощью метагенома. Он представляет собой сборку одного таксона. В дальнейшем полученные MAGи нужно аннотировать. Как правило этот процесс начинается с автоаннотации: программа разбивает MAGи на белок-кодирующие последовательности и определяет входящие в их состав гены. Однако автоматика часто оперирует не самыми последними данными и требует дальнейшей ручной обработки или комбинации различных программ.

3/3

Shotgun метагеномика — это работающий способ узнать больше о микробном сообществе. Однако метагеномика не лишена недостатков. В сообществе могут встречаться гены, чья функция до сих пор не установлена, что оставляет в общей картине белые пятна. Кроме того, наличие определенных генов ничего не говорит об их экспрессии, и для получения этой информации нужна уже метатранскриптомика.

✨ Сделать первые шаги в метагеномике можно на нашем самом популярном курсе «Анализ NGS-данных». Приходите триммировать, картировать, аннотировать, собирать, снипколлить в компании профессионалов. А до 9-го августа еще можно успеть на регистрацию по выгодной цене! ⚡️

Подготовлено при участии Анны Кузнецовой

Я закончил(а) курс. Что дальше?🤔

На этот вопрос на заключительном занятии курса «Python для анализа данных в науке» отвечала Инга Егорова, профессиональный карьерный консультант.

Делимся основными рекомендациями, как не дать приобретённым знаниям обесцениться:

😬 Практика
Применяйте навыки в реальных проектах: участвуйте в конкурсах на платформах вроде Kaggle или работайте над pet-проектами. Практический опыт — лучший способ закрепить знания.

🛍 Новинки
Биоинформатика — быстро развивающаяся область. Подпишитесь на научные журналы, блоги, YouTube-каналы, чтобы оставаться в курсе последних исследований и технологий.

🤝 Единомышленники
Присоединяйтесь к профессиональным сообществам онлайн или офлайн. Это могут быть форумы, группы в социальных сетях или конференции. Общение с коллегами расширит ваши горизонты и поможет обмениваться опытом.

🤫 Ошибка? Это хорошо!
В биоинформатике многое работает через метод проб и ошибок. Ошибки — часть процесса обучения. Если что-то не получается, попробуйте придумать новый подход.

😥 Смежные навыки
Сильный биоинформатик должен разбираться в программировании, математике и биологии. Изучайте новые языки программирования (например, R или Python), математические методы или углубитесь в молекулярную биологию.

➕ Новые вызовы
Не останавливайтесь на достигнутом. Ставьте перед собой новые задачи — участие в конференции, получение стажировки или разработка собственного инструмента для анализа данных.

⭐️ Долгосрочные цели
Биоинформатика может показаться сложной и запутанной, но каждый шаг приближает к значимым результатам. Держите в уме конечную цель — это поможет сохранять мотивацию.

Развитие в биоинформатике — марафон, а не спринт. Завершение курса здесь – важный этап, но настоящее приключение только начинается.

Удачи 🥰

Не пора ли перевести наши отношения на новый уровень? 😏

Хотите познакомиться с сообществом Бластим ближе и оценить качество наших курсов? Интенсив «Экспресс Linux для NGS» — это идеальная возможность погрузиться в мир анализа больших данных и получить полное представление о том, как мы работаем, по доступной цене. За 4550 р. вы не только освоите работу с NGS, но и узнаете, как легко и эффективно расширять научные перспективы вместе с Бластим. Это шанс пообщаться с нашими преподавателями и кураторами, узнать больше о наших подходах и принципах. А в качестве бонуса — актуальные скилы в анализе NGS-данных 😄

В программе:
📌 Основы работы в Linux, терминале и Bash
📌 Знакомство с сервером и настройками
📌 Работа с текстовыми файлами и таблицами
📌 Скачивание файлов
📌 Управление сессиями с помощью tmux
📌 Основы текстового редактора vim
📌 Практическое задание по анализу NGS-данных

Дата: 17-18 августа
Время: с 10:00 до 15:00 (Мск)
Формат: онлайн

🔗 Узнайте больше и зарегистрируйтесь

⚡️ Все участники «Экспресс Linux для NGS» смогут продолжить обучение на полном курсе «Анализ NGS-данных» с персональной скидкой, равной стоимости интенсива.

Мы заметили, что вам понравился наш трукрайм-пост об одной из самых таинственных загадок в истории Австралии. Но Океания хранит ещё много интересного! Например, в этом регионе полно случаев таинственного исчезновения туристов... Эти места не только поражают красотой, но и скрывают мрачные тайны 🫣

Пока новый материал готовится, предлагаем погрузиться в другой не менее удивительный мир — историю народов Океании.

🌊 Океания — это не просто группа островов в Тихом океане. Это целая вселенная, разбросанная по бескрайним водным просторам, где каждый остров — отдельный уникальный мир. Представьте себе: если собрать всю сушу Евразии, Африки, обеих Америк, Австралии и Антарктиды и поместить в Тихий океан, этого будет недостаточно, чтобы закрыть его целиком. Океания — это олицетворение безграничного пространства, где расстояние между островами порой измеряется тысячами километров.

Несмотря на такие преграды, человек всё-таки смог освоить эти удалённые уголки Земли. Теперь на каждом из этих островов живут потомки смелых мореплавателей, которые не побоялись бросить вызов стихии. Кто же они, откуда пришли, как им удалось выжить в столь суровых условиях и кто их предки? 🤨

Если хотите узнать больше о невероятных народах Океании, которые заселили самые удалённые уголки планеты, не пропустите наш прошлый материал по ссылке.

А также ставьте реакции, чтобы показать, что вам интересно: захватывающая антропология — 👍 или таинственные трукрайм-истории — 🌚? Ваш выбор поможет нам определиться с темой следующего материала.