JafaRiLab
#یادداشت داده کاوی اسمی و پزشکی دقیق این پست ترجمه بلاگ پستی است که در سایت انتشارات نیچر به مناسبت انتشار مقاله "Bipartite network models to design combination therapies in acute myeloid leukaemia" در مجله Nature Communications، در کانال Nature Portfolio…
لینک مستقیم به کانال Nature Portfolio Cancer Community تحت عنوان Behind the Paper
@JafaRiLab
https://cancercommunity.nature.com/posts/nominal-data-mining-and-precision-medicine
@JafaRiLab
https://cancercommunity.nature.com/posts/nominal-data-mining-and-precision-medicine
👍3
#آگهی
- از جستجو کردن IF مجلات در گوگل خسته شدید؟
- از عدم دسترسی به سایت web of science رنج می برید؟
- دنبال مقالات مربوط به مجلات Q1 هستید؟
کافی است این اکستنشن را به مرورگر Chrome خودتون اضافه کنید تا پاسخ تمامی سوالات بالا را در حین یافتن مقاله در وبسایت Pubmed بیابید.
منبع خبر از توییتر حمیدرضا کریمی ساری:
https://twitter.com/karimisari/status/1523571672086851584?s=20&t=QRHSFDDfWMF6xeChtCsFRA
@JafaRiLab
- از جستجو کردن IF مجلات در گوگل خسته شدید؟
- از عدم دسترسی به سایت web of science رنج می برید؟
- دنبال مقالات مربوط به مجلات Q1 هستید؟
کافی است این اکستنشن را به مرورگر Chrome خودتون اضافه کنید تا پاسخ تمامی سوالات بالا را در حین یافتن مقاله در وبسایت Pubmed بیابید.
منبع خبر از توییتر حمیدرضا کریمی ساری:
https://twitter.com/karimisari/status/1523571672086851584?s=20&t=QRHSFDDfWMF6xeChtCsFRA
@JafaRiLab
Google
Pubmed Impact Factor
Shows impact factors/JCR quartile, filter search results by impact factors/JCR quartile, and more
👍7
#از_R_لذت_ببریم
مقایسه R با Python
اگه میخوای بدونی چرا میگم برنامه نویسی R در مقایسه با برنامه نویسی Python برای کسانی که پیش زمینه برنامه نویسی و کامپیوتر ندارند راحتتر و قابل فهم تر هست، این مقاله را مطالعه کن 😉. خیلی ساده یه مجموعه داده را می تونی دانلود کنی و به شش تا سوال پاسخ بدی. نویسنده مقاله، راه حل های خودش با هر دو برنامه را هم آورده. خودم به شخصه از پاسخ به سوال اول و سوال آخرش به کمک برنامه نویسی R بسی لذت بردم 😍:
(1) t.ly/5--P
اگر مطالعه این مقاله برات سخت بود و نیاز داشتی قسمت های مربوط به R را یه نفر برات توضیح بده، پیشنهاد میدم این فیلم را هم نگاه کنی 😊:
(2) t.ly/4GG7
@JafaRiLab
مقایسه R با Python
اگه میخوای بدونی چرا میگم برنامه نویسی R در مقایسه با برنامه نویسی Python برای کسانی که پیش زمینه برنامه نویسی و کامپیوتر ندارند راحتتر و قابل فهم تر هست، این مقاله را مطالعه کن 😉. خیلی ساده یه مجموعه داده را می تونی دانلود کنی و به شش تا سوال پاسخ بدی. نویسنده مقاله، راه حل های خودش با هر دو برنامه را هم آورده. خودم به شخصه از پاسخ به سوال اول و سوال آخرش به کمک برنامه نویسی R بسی لذت بردم 😍:
(1) t.ly/5--P
اگر مطالعه این مقاله برات سخت بود و نیاز داشتی قسمت های مربوط به R را یه نفر برات توضیح بده، پیشنهاد میدم این فیلم را هم نگاه کنی 😊:
(2) t.ly/4GG7
@JafaRiLab
R-bloggers
R vs Python — Live Stream Analysis
<div style = "width:60%; display: inline-block; float:left; "> A few months ago Tal Mizrachi (The famous Analysis Paralysis) & I live streamed an R vs Python data analysis session (in Hebrew). We took the dogs of Zurich dataset, formatted it a bit, added…
🤩7👍1
#از_R_لذت_ببریم
داستان واقعی زیر برای دوستداران علم داده خصوصا از نوع داده های زیست شناختی می تونه خیلی الهام بخش باشه (منبع حساب Matt Dancho در لینکدین)
t.ly/QpbJ
@JafaRiLab
داستان واقعی زیر برای دوستداران علم داده خصوصا از نوع داده های زیست شناختی می تونه خیلی الهام بخش باشه (منبع حساب Matt Dancho در لینکدین)
t.ly/QpbJ
@JafaRiLab
👍9
#از_R_لذت_ببریم
چگونه یک جهش شرطی 😲 در R انجام دهیم؟
جهش شرطی یه ترجمه کاملا نارسا 😓 از عبارت Conditional Mutate هست. در فرایند دست ورزی داده ها، خیلی مواقع پیش میاد که لازم هست یه متغیر جدید با استفاده از متغیرهای موجود در مجموعه داده، تعریف بکنیم. یعنی مثلا متغیر
t.ly/3pFg
@JafaRiLab
چگونه یک جهش شرطی 😲 در R انجام دهیم؟
جهش شرطی یه ترجمه کاملا نارسا 😓 از عبارت Conditional Mutate هست. در فرایند دست ورزی داده ها، خیلی مواقع پیش میاد که لازم هست یه متغیر جدید با استفاده از متغیرهای موجود در مجموعه داده، تعریف بکنیم. یعنی مثلا متغیر
a داریم و میخواهیم متغیر b را به کمک متغیر a تعریف کنیم. متغیر a مثلا حاوی مقادیر منفی یک تا مثبت یک هست و میخواهیم b را به نحوی تعریف کنیم که اعداد مثبت و منفی با دو عبارت یا دو کاراکتر متمایز بشوند. دو تابع mutate و case_when از پکیج dplyr اینکار را ساده می کنند. برای مطالعه بیشتر و دیدن مثال به اینجا مراجعه کنید:t.ly/3pFg
@JafaRiLab
Data Science Tutorials
How to do Conditional Mutate in R? - Data Science Tutorials
How to do Conditional Mutate in R? - The mutate() and case when() functions from the dplyr package make this task fortunately simple.
👍5😁2
#آگهی
برای کسب اطلاعات بیشتر در مورد تمرکز تحقیقاتی جدید ما، به وبسایت جدید JafaRiLab مراجعه کنید:
https://www.helsinki.fi/en/researchgroups/systems-pharmacology
برای کسب اطلاعات بیشتر در مورد تمرکز تحقیقاتی جدید ما، به وبسایت جدید JafaRiLab مراجعه کنید:
https://www.helsinki.fi/en/researchgroups/systems-pharmacology
www.helsinki.fi
Systems Pharmacology | University of Helsinki
Jafari Lab at University of Helsinki
👍12
#از_R_لذت_ببریم
نحوه انجام بوت استرپینگ (Bootstrapping) در R
بوت استرپینگ روشی برای تخمین خطای معیار هر آماره و محاسبه فاصله اطمینان برای آنهاست. بعد از نصب و فراخوانی پکیج boot، با استفاده از لینک زیر می توانید به سادگی بوت استرپینگ را انجام دهید.
ابتدا، k نمونه با جایگذاری تکراری را از یک مجموعه داده معین بگیرید. سپس آماره مورد علاقه برای هر نمونه را محاسبه کنید. این k ها، تخمین های مختلف را برای یک آماره معین به دست می دهند که می توانید از آنها برای محاسبه خطای معیار و فاصله اطمینان استفاده کنید:
t.ly/HrtB
@JafaRiLab
نحوه انجام بوت استرپینگ (Bootstrapping) در R
بوت استرپینگ روشی برای تخمین خطای معیار هر آماره و محاسبه فاصله اطمینان برای آنهاست. بعد از نصب و فراخوانی پکیج boot، با استفاده از لینک زیر می توانید به سادگی بوت استرپینگ را انجام دهید.
ابتدا، k نمونه با جایگذاری تکراری را از یک مجموعه داده معین بگیرید. سپس آماره مورد علاقه برای هر نمونه را محاسبه کنید. این k ها، تخمین های مختلف را برای یک آماره معین به دست می دهند که می توانید از آنها برای محاسبه خطای معیار و فاصله اطمینان استفاده کنید:
t.ly/HrtB
@JafaRiLab
Data Science Tutorials
How to Perform Bootstrapping in R - Data Science Tutorials
How to Perform Bootstrapping in R, Bootstrapping is a method for estimating the standard error of any statistic.
👍4
#نرم_افزار_جدید_ما
#از_R_لذت_ببریم
پکیج نرم افزاری جدید آزمایشگاه در زبان R با نام PEIMAN2، هم اکنون در مخزن CRAN از طریق لینک زیر در دسترس است.
PEIMAN2: Post-Translational Modification Enrichment, Integration, and Matching Analysis
با استفاده از این پکیج کاربر قادر به شناسایی تغییرات پس از ترجمه (PTM) در پروتئین ها در یک تحلیل پروتئومیکس PTM-محور خواهد بود.
👇👇👇
https://cran.r-project.org/web/packages/PEIMAN2/index.html
برای جزییات بیشتر، پیشنهاد می شود به vignette این پکیج رجوع کنید:
👇👇👇
https://cran.r-project.org/web/packages/PEIMAN2/vignettes/PEIMAN2-vignette.html
@JafaRiLab
#از_R_لذت_ببریم
پکیج نرم افزاری جدید آزمایشگاه در زبان R با نام PEIMAN2، هم اکنون در مخزن CRAN از طریق لینک زیر در دسترس است.
PEIMAN2: Post-Translational Modification Enrichment, Integration, and Matching Analysis
با استفاده از این پکیج کاربر قادر به شناسایی تغییرات پس از ترجمه (PTM) در پروتئین ها در یک تحلیل پروتئومیکس PTM-محور خواهد بود.
👇👇👇
https://cran.r-project.org/web/packages/PEIMAN2/index.html
برای جزییات بیشتر، پیشنهاد می شود به vignette این پکیج رجوع کنید:
👇👇👇
https://cran.r-project.org/web/packages/PEIMAN2/vignettes/PEIMAN2-vignette.html
@JafaRiLab
cran.r-project.org
PEIMAN2: Post-Translational Modification Enrichment, Integration, and Matching Analysis
Functions and mined database from 'UniProt' focusing on post-translational modifications to do single enrichment analysis (SEA) and protein set enrichment analysis (PSEA). Payman Nickchi, Mehdi Mirzaie, Marc Baumann, Amir Ata Saei, Mohieddin Jafari (2022)…
🎉7
#پادکست
اپیزود شانزدهم، ششمین و آخرین اپیزود از فصل دوم پادکست منتشر شد.
این اپیزود سخنرانی بنده در یازدهمین همایش بیوانفورماتیک ایران است.
.
تمرکز اصلی در این سخنرانی ارائه نتایج منتشر شده در مقاله ای از گروه تحقیقاتی بنده در مجله Nature Communications است. برای دسترسی مستقیم به اسلایدهای سخنرانی کلیک کنید.
عنوان قسمت شانزدهم:
زیست شناسی شبکه ای:تصویر تزئینی مقاله یا تلاشی برای رفع یک نیاز؟
امیدوارم مورد پسند شنوندگان پادکست قرار بگیره و نظراتتون از نحوه اجرا و محتوای این اپیزود را با ما در میان بگذارید.
برای ارسال نظرات میتوانید از طریق ادمین کانال تلگرامی یا توییتر پادکست در تماس باشید.
لینک پادکست در Google Podcast و Spotify:
tinyurl.com/22u54p6a
tinyurl.com/26mlh4ok
@JafaRiLab
اپیزود شانزدهم، ششمین و آخرین اپیزود از فصل دوم پادکست منتشر شد.
این اپیزود سخنرانی بنده در یازدهمین همایش بیوانفورماتیک ایران است.
.
تمرکز اصلی در این سخنرانی ارائه نتایج منتشر شده در مقاله ای از گروه تحقیقاتی بنده در مجله Nature Communications است. برای دسترسی مستقیم به اسلایدهای سخنرانی کلیک کنید.
عنوان قسمت شانزدهم:
زیست شناسی شبکه ای:تصویر تزئینی مقاله یا تلاشی برای رفع یک نیاز؟
امیدوارم مورد پسند شنوندگان پادکست قرار بگیره و نظراتتون از نحوه اجرا و محتوای این اپیزود را با ما در میان بگذارید.
برای ارسال نظرات میتوانید از طریق ادمین کانال تلگرامی یا توییتر پادکست در تماس باشید.
لینک پادکست در Google Podcast و Spotify:
tinyurl.com/22u54p6a
tinyurl.com/26mlh4ok
@JafaRiLab
Castbox
Episode 16 - Network Biology (زیست شناسی شبکه ای)
<p>به پادکستی برای زیست شناسی محاسباتی و ترویج علم خوش آمدید</p><p><strong>فصل دوم</strong></p><p><strong>قسمت شانزدهم:</strong></p><p>زیست شناسی شبکه ا...
❤4👍1
#از_R_لذت_ببریم
بستر RMarkdown و خروجی هایش
بستر RMarkdown یک چارچوب قدرتمند برای نوشتن اسنادی است که حاوی ترکیبی از متن، کد و خروجی کد است. این اسناد برای تحلیل اولیه داده (Initial data analysis, IDA) و همچنین طرح تحلیلی آماری (Statistical Analysis Plan, SAP) در هر پروژه ای مربوط به داده کاوی نقش اساسی ایفا می کنند.
فرمت های خروجی محبوب برای این اسناد، شامل قالب های HTML، PDF و Word است. همچنین امکان خروجی اسناد RMarkdown به عنوان بخشی از یک وب سایت ایستا با استفاده از بسته
در ادامه من دو لینک با شما به اشتراک میگذارم تا با خروجی های جدیدتری از RMarkdown آشنا بشید:
۱) امکان انتشار اسناد RMarkdown در سایت های وردپرس نیز وجود دارد.
۲) امکان خروجی یک فایل Rmd به عنوان Google Doc
@JafaRiLab
بستر RMarkdown و خروجی هایش
بستر RMarkdown یک چارچوب قدرتمند برای نوشتن اسنادی است که حاوی ترکیبی از متن، کد و خروجی کد است. این اسناد برای تحلیل اولیه داده (Initial data analysis, IDA) و همچنین طرح تحلیلی آماری (Statistical Analysis Plan, SAP) در هر پروژه ای مربوط به داده کاوی نقش اساسی ایفا می کنند.
فرمت های خروجی محبوب برای این اسناد، شامل قالب های HTML، PDF و Word است. همچنین امکان خروجی اسناد RMarkdown به عنوان بخشی از یک وب سایت ایستا با استفاده از بسته
blogdown نیز وجود دارد.در ادامه من دو لینک با شما به اشتراک میگذارم تا با خروجی های جدیدتری از RMarkdown آشنا بشید:
۱) امکان انتشار اسناد RMarkdown در سایت های وردپرس نیز وجود دارد.
۲) امکان خروجی یک فایل Rmd به عنوان Google Doc
@JafaRiLab
bensstats
RObservations #1: Uploading your .Rmd File to WordPress: A TroubleShooters Guide
As anyone in tech will tell you. Having a website where you can showcase your work is a huge plus for getting an edge on the market, networking and building a portfolio. When starting out, this sor…
👍7
#پادکست
در آستانه انتشار اولین قسمت از فصل سوم پادکست با نام اختصاصی Edge، شش اپیزود منتشر شده در فصل دوم پادکست را در ادامه این پست در تلگرام بارگزاری می کنم.
سپاس از همراهی ها، پیشنهادات و انتقادهای همه مخاطبان پادکست که ضامن بقای یه پادکسته (و انگیزه پادکست سازه😉) اونم با یک موضوع تخصصی و دایره مخاطب بسیار محدود. امیدوارم در ادامه این راه از همراهی شما همچنان بهره مند باشم 😇☺️
البته یادآوری می کنم که بهترین راه شنیدن پادکست استفاده از اپلیکیشن های پادگیر مثل Castbox ، Google Podcast یا Spotify هست.
tinyurl.com/2lm7kxwc
tinyurl.com/2ngsvr6f
tinyurl.com/2how5sua
@JafaRiLab
در آستانه انتشار اولین قسمت از فصل سوم پادکست با نام اختصاصی Edge، شش اپیزود منتشر شده در فصل دوم پادکست را در ادامه این پست در تلگرام بارگزاری می کنم.
سپاس از همراهی ها، پیشنهادات و انتقادهای همه مخاطبان پادکست که ضامن بقای یه پادکسته (و انگیزه پادکست سازه😉) اونم با یک موضوع تخصصی و دایره مخاطب بسیار محدود. امیدوارم در ادامه این راه از همراهی شما همچنان بهره مند باشم 😇☺️
البته یادآوری می کنم که بهترین راه شنیدن پادکست استفاده از اپلیکیشن های پادگیر مثل Castbox ، Google Podcast یا Spotify هست.
tinyurl.com/2lm7kxwc
tinyurl.com/2ngsvr6f
tinyurl.com/2how5sua
@JafaRiLab
Castbox
Best free podcast app for Apple iOS and Android | Let words move you
Millions of podcasts for all topics. Listen to the best free podcast on Android, Apple iOS, Amazon Alexa, Google Home, Carplay, Android Auto, PC. Create...
👍1