Праведного гнева пост. Меня, как человека, который много работает с текстами, ужасно раздражает, когда люди без повода используют полужирное начертание, курсив или, тем паче, нижнее подчеркивание. Вот прям реально бомбит, когда смотришь на текст, а он весь косой, да еще и полужирный или подчеркнутый местами. Дорогие коллеги, все эти инструменты придуманы для выделения особенно важных фрагментов текста или даже отдельных слов, к которым хочется привлечь внимание читателя, не надо весь текст сплошняком ими засорять! Еще одна зараза — цитаты в Телеграме. Казалось бы, цитата — это цитата, но нет, надо же целые параграфы Бог знает зачем в виде цитаты оформлять. Не надо так, пожалуйста. Все, спасибо, я высказалась.
А если по сути, использование курсива в биологии — штука в высшей степени нетривиальная, когда дело доходит до латинских названий. Казалось бы, все просто: можно просто всю латынь курсивом выделять, но нет. Почти все, что касается вирусов, бактерий и архей, а также ботанических таксонов (растений, грибов и т.п.), действительно пишется курсивом, хотя и тут бывают сложности. Например, сокращение "подвид" пишется прямым начертанием — subsp., а сам эпитет подвида — курсивом. Если речь идет о недавно описанном виде микроорганизмов, который еще официально не подтвержден, то к нему сначала приписывают термин Candidatus, а само латинское название пишется прямым начертанием. Ну а если в недра именования штаммов, сероваров и прочей микробиологии залезать, то тут все совсем вразнобой.
А вот у животных курсивом выделяются только родовые и видовые названия, все таксоны рангом выше рода пишутся прямым начертанием. Так вот исторически сложилось. Как говорилось в одном бородатом анекдоте про урок в грузинской школе, запомните это, дети, потому что понять это невозможно.

А это говорящий волнистый попугайчик по кличке Пак, который попал в Книгу рекордов Гиннесса как птица с наибольшим словарным запасом: он знал примерно 1728 слов! В целом, самыми болтливыми среди говорящих попугаев являются не волнистые попугайчики, а жако, средний словарный запас которых насчитывает тысячу слов.

Погружаемся в мир LLM: спринт для биологов и биоинформатиков

7–11 июля присоединяйтесь к LLM-спринту от OpenBio — пятидневному интенсиву о том, как большие языковые модели могут стать реальным инструментом в биологии, медицине и научных исследованиях. Готовьтесь к практическим заданиям, полезным инструментам и реальным кейсам!

Что вас ждет:

- разбор действительно полезных LLM (не только ChatGPT!) для биологов и исследователей
- лайфхаки по промт-инжинирингу
- практики совместного обучения с ИИ
- примеры из реальных проектов - расскажем, как это работает у нас 🙂
- и даже немного неочевидного применения LLM в науке

🎁 Бонусы для тех, кто дойдет до конца!

Участвовать можно бесплатно — подписывайтесь на канал и включайте уведомления!

Распространенность рака в разных группах животных — одна из интереснейших тем в биологии рака. Почему одни группы животных болеют раком чаще, чем другие? А может быть, мы просто недостаточно знаем о представленности онкологических заболеваний в разных группах животных? Тут нельзя не вспомнить про относительно недавно разрешенный парадокс Пето, когда было показано, что крупные животные болеют раком чаще, чем мелкие, в частности, потому что у них больше клеток. Однако есть целые группы совсем немаленьких животных, которые болеют раком на удивление редко. Как принято считать, одна из таких групп — черепахи. Но ведь есть вероятность, что мы просто плохо исследовали черепах на предмет злокачественных опухолей и недостаточно знаем, насколько сильно черепахи им подвержены. Авторы недавнего исследования, опубликованного в BioScience, основательно подошли к проблеме и изучили результаты вскрытий 290 черепах 64 видов из разных таксонов, которые жили в разных зоопарках. Ученые оценивали распространенность злокачественных опухолей невирусного происхождения (а вирусные раки у черепах есть, в частности, фибропапилломатоз морских черепах). Результаты масштабного исследования убедительно подтвердили, что раком черепахи болеют, по всей видимости, исключительно редко: авторы работы смогли найти только одну опухоль, да и то доброкачественную, у бахромчатой черепахи (Chelus fimbriata). Как черепахам удается так эффективно препятствовать развитию злокачественных новообразований? Этот вопрос остается недостаточно исследованным. Похоже, важную роль играет высокая способность черепах противостоять окислительному стрессу. Кроме того, известно, в частности, что у галапагосских черепах защита от злокачественных новообразований достигается за счет удвоения генов, связанных с активацией апоптоза, и благодаря этому в организме галапагосских черепах злокачественные клетки очень быстро устраняются. Тем не менее, работы для исследователей тут непочатый край.

Прионные заболевания — штука в высшей степени таинственная. Прионный белок PrP в нормальной конформации играет важную роль в работе нервной системы, участвуя в миелинации, а в прионной форме он поистине крушит в хлам нервную ткань. PrP в прионной форме превращает нормальный PrP в прион, обеспечивая распространение прионов в нервной ткани. В большинстве случаев белки в прионной конформации появляются в нервной ткани случайно, без видимой причины. Бывают наследственные случаи прионных заболеваний, например, фатальная семейная бессонница, которые связаны с тем, что в гене PrP произошли мутации, способствующие сворачиванию PrP в прионную форму. Прионом можно заразиться, например, через инфицированное мясо или нервную ткань и хирургические инструменты, но такие случаи составляют всего лишь 1% от всех случаев прионных заболеваний. Мало того что причины прионных болезней чаще всего неизвестны, так еще и нет никакой эффективной терапии против этих разрушительных заболеваний, неизменно приводящих к мучительной смерти. Но, похоже, ситуация меняется к лучшему. Группа американских исследователей разработала специальный антисмысловой олигонуклеотид, названный ION717, который понижает уровень экспрессии PrP и показал себя эффективным в нивелировании разных вредоносных последствий прионной активности. А в декабре прошлого года ION717 вышел в клиническое испытание. Будем надеяться, что наконец-то в наших руках появится лекарство от прионных болезней.

Считается, что системы контроля клеточного цикла появились в ходе эволюции эукариот очень давно и работают согласно давно зафиксированным последовательностям передачи сигнала, или сигнальным каскадам. Но, по-видимому, и эволюционно молодые транскрипционные факторы, регулирующие клеточный цикл, тоже "встревают" в эти давно отлаженные молекулярные пути. Как показало недавнее исследование, опубликованное в Cell Genomics, юные транскрипционные факторы из быстро эволюционирующего семейства KZFP (от Krüppel-associated box zinc-finger protein) синхронизированно экспрессируются согласно фазам клеточного цикла, причем без них клеточный цикл дает сбои. Это, по крайней мере, характерно для специфичного для приматов транскрипционного фактора ZNF519, последствия сайленсинга которого были проверены экспериментально. Схожие результаты были получены для общего для млекопитающих фактора ZNF274, который контролирует нужное время экспрессии в клеточном цикле для сотен других генов, многие из которых кодируют другие белки группы KZFP. Иными словами, он следит за таймингом клеточного цикла. Похоже, сложные сети белков-регуляторов клеточного цикла с ходом эволюции становятся все запутаннее и запутаннее, и "молодая кровь" продолжает вливаться в систему регуляции клеточного цикла.

Книга Николая Кукушкина — очень остроумное и емкое повествование о жизни на Земле, естествознании в целом и появлении и развитии нервной системы. Максимум рекомендую!

И снова красота неземная на обложке Molecular Cell. Этот величественный и прекрасный павлин, точнее, пятна на его хвосте символизируют разделение фаз при лактилировании остатков лизина в белке YTHDC1. Это все, конечно, очень красиво, но меня поразило, как необычно художник смотрит на вещи и какая у него буйная фантазия.

Потрясающая история о том, как самый обыкновенный кот однажды проснулся вирусологом.

Прочитала историю про кота по имени Пеппер 😺, который притащил в зубах бурозубку, а в ней нашли новый вирус 👻. И делюсь с вами.

В общем, статья вышла в журнале Microbiology Resource Announcements — Coding complete sequences of the 10 genomic segments of a mammalian orthoreovirus type 3 isolated from a Blarina peninsulae shrew. И статья микроскопическая — просто описание генома вируса.

Интереснее история за пределами статьи. Хозяин кота — последний автор (если верить англоязычным научпоп статьям) John A. Lednicky. Фоточку кота можете лицезреть в статье Science Daily Florida cat sniffs out another new virus—and scientists are listening (гении заголовков 👍)

Что пишут про кота в самой статье:

Samples of spleen and kidney tissues were obtained from a dead Blarina peninsulae shrew in 2024 that had been caught and killed by a pet cat in Gainesville, Florida.

Про причину, зачем вообще начали эту бурозубку глядеть (ну притащил и притащил кот добычу, казалось бы!), вот что говорят в Science Daily:

John Lednicky, Ph.D., Pepper's owner and a University of Florida College of Public Health and Health Professions virologist, took Pepper's catch — a dead Everglades short-tailed shrew — into the lab for testing as part of his ongoing work to understand transmission of the mule deerpox virus.

А вот это там же звучит очень классно:

"I'm not the first one to say this, but essentially, if you look, you'll find, and that's why we keep finding all these new viruses," Lednicky said.

В другой статье Cat Makes Yet Another Scientific Discovery даже сообщили о здоровье Пеппера и о том, что его хозяин рад таким "подаркам" в виде добычи:

As for Pepper, Lednicky said that he is showing no signs of illness. His hunting obsession and outdoor adventures will continue, and with his track record, will likely contribute to more scientific discovery.

Просто поле для добрых милых шуток 😊Если интересно и хочется такое почитать, поглядите и другие научпоп статьи, там кто во что горазд в похвалах котейке 🤗

На русском языке можно прочитать в статье от Науки и жизнь — Научный котик. Новый вирусный штамм открыли благодаря коту (они классно написали, даже в подписи к фотографии кота отметили Кот Пеппер, вирусолог). Там говорят ещё, что это не первая такая научно полезная добыча кота 😎

Обожаю работы, в которых из какой-нибудь зверушки или растения выделяют новое крайне необычное вещество, и это вещество, как показывают дальнейшие исследования, обладает полезными для человека свойствами. Вот, к примеру, давеча появилось сообщение об открытии нового бактериального экзополисахарида, обозначенного EPS3.9, который был выделен из глубоководной бактерии Spongiibacter. Химически EPS3.9 представляет собой полимер маннозы и глюкозы. EPS3.9 оказался способен вызывать пироптоз и потому обладает мощным противоопухолевым действием. Вот такая вот находка.

Вот такой вот зверь встретился мне на днях. Опытные собаководы энтомологи, подсобите, чья это может быть гусеница? Без вас никак.

Гусеница, фото которой я выложила вчера, усилиями неравнодушных граждан была опознана как гусеница ночной бабочки древоточца пахучего (Cossus cossus). Как и гусеница, бабочка немаленькая: размах крыльев может достигать около 10 см. Ареал у нее весьма широкий, так что ничего удивительного, что я наткнулась на нее в Подмосковье. Спасибо всем, кто откликнулся!

У меня нет медицинского образования, и я не имею морального права судить о медицине, но я очень люблю истории об уникальных клинических случаях и необычных пациентах. Относительно недавно в поле зрения врачей одной австралийской клиники попал 55-летний мужчина с метастатическим плоскоклеточным раком легкого, который при этом также жаловался на отек и боль в большом пальце правой ноги и среднем пальце правой руки. Случай описан в The New England Journal of Medicine. Оказалось, что на пораженных фалангах действительно визуализируются очаги разрушения костной ткани. Клиническая картина могла бы соответствовать подагре или остеомиелиту, но все оказалось интересней. Пораженные участки представляли собой акрометастазы (редчайшая форма метастазов в кости!) плоскоклеточного рака легких. Пациенту назначили паллиативную лучевую терапию, но он все равно скончался через три недели. Страшные картинки прилагаются.

Эту удивительную женщину зовут Джой Милн (Joe Milne). Она обладает гиперосмией — повышенной чувствительностью к запахам. Джой считает, что она получила свою необычную способность благодаря наследственности по материнской линии. Изначально Джой работала медсестрой, и она обнаружила, что люди, страдающие разными болезнями, пахнут по-разному. Первоначально Джой не связывала разные запахи пациентов с их заболеваниями, пока она не заметила, что у ее мужа в возрасте 30 лет вдруг резко изменился запах, а через почти 13 лет у него была диагностирована болезнь Паркинсона. Джой с удивлением обнаружила, что другие больные этим заболеванием имеют тот же запах, который она охарактеризовала как «мускусный с соляным оттенком». Так Джой стала первым известным человеком, который может выявлять болезнь Паркинсона по запаху. Необычная способность Джой привлекла внимание Пердиты Барран, профессора Университета Манчестера. Впоследствии Джой приняла участие во множестве исследований, посвященных болезни Паркинсона, и даже официально стала исследователем в Манчестерском институте биотехнологий при Университете Манчестера.